结论：网约车运营固定线路固定时间但由乘客自定义上车点和下车点的模式，其合法性需结合具体运营模式、地方性法规及是否取得相应许可来判断。以下从不同角度详细分析：
一、从网约车运营的基本规定来看
根据《网络预约出租汽车经营服务管理暂行办法》等相关规定，网约车运营需满足一定的条件，包括车辆、驾驶员的资质要求，以及运营平台需取得相应的经营许可。若网约车平台在固定线路固定时间运营，但允许乘客自定义上车点和下车点，这种模式在本质上仍然属于网约车服务范畴，因此需遵守网约车运营的基本规定。
车辆与驾驶员资质：运营车辆需符合当地网约车车辆标准，驾驶员需取得网约车驾驶员证，这是网约车运营的基本前提。
平台许可：网约车平台需取得当地交通运输主管部门颁发的网络预约出租汽车经营许可证，方可开展网约车服务。
二、从固定线路固定时间运营的角度分析
固定线路固定时间的运营模式，在某些特定场景下（如机场接送、景区专线等）可能较为常见。然而，这种模式是否合法，还需考虑以下几点：
是否取得线路许可：若网约车平台计划在特定线路上运营，需事先取得当地交通运输主管部门对该线路的许可。未经许可，擅自运营可能构成违法。
是否影响公共交通秩序：固定线路固定时间的运营需确保不影响公共交通秩序，不与其他公共交通方式（如公交车、地铁等）产生冲突或干扰。
三、从乘客自定义上车点和下车点的角度分析
乘客自定义上车点和下车点是网约车服务的一大特点，也是其区别于传统出租车服务的重要方面。然而，在固定线路固定时间的运营模式下，乘客自定义上车点和下车点可能受到一定限制：
上车点和下车点的合理性：乘客自定义的上车点和下车点需在合理范围内，不得违反交通法规或影响其他车辆和行人的通行。
平台对上车点和下车点的管理：网约车平台需对乘客自定义的上车点和下车点进行管理，确保运营安全和服务质量。例如，平台可以设置上车点和下车点的范围限制，或要求乘客在特定地点上下车。
四、地方性法规的考量
不同地区对网约车运营的规定可能存在差异。因此，在判断网约车运营固定线路固定时间但由乘客自定义上车点和下车点的模式是否合法时，还需考虑当地的地方性法规。例如，某些地区可能对网约车在特定区域或特定时间段的运营有特殊规定。
五、法律建议
咨询当地交通运输主管部门：在开展此类运营模式前，建议网约车平台咨询当地交通运输主管部门，了解相关法规和政策要求，确保运营合法合规。
完善内部管理制度：网约车平台应完善内部管理制度，对固定线路固定时间的运营模式进行规范管理，确保乘客自定义上车点和下车点的合理性和安全性。
关注地方性法规变化：由于地方性法规可能存在差异且可能随时间发生变化，网约车平台需密切关注当地法规的变化情况，及时调整运营策略以符合法规要求。
总结：网约车运营固定线路固定时间但由乘客自定义上车点和下车点的模式，其合法性需结合具体运营模式、地方性法规及是否取得相应许可来判断。在开展此类运营模式前，建议网约车平台充分了解相关法规和政策要求，确保运营合法合规。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。