建房合作协议书在符合一定条件下是合法的，但也可能存在无效的情形。以下是对这一问题的详细分析：
一、建房合作协议书合法的条件
主体适格：
- 合作双方或多方必须具有相应的民事权利能力和民事行为能力。自然人需具备完全民事行为能力，法人或其他组织则需依法设立并具备相应经营资质和能力。这是确保合同双方能够承担法律责任的基础。
意思表示真实：
- 协议内容必须是合作各方在平等自愿基础上，经过充分协商后达成的真实意思表示。不存在欺诈、胁迫、重大误解等导致意思表示不真实的情形。这要求双方在签订合同时，对合作建房的出资方式、房屋分配、风险承担等条款有清晰的认识和一致的意愿。
内容合法：
- 协议内容不得违反法律、行政法规的强制性规定。建房用途需符合土地规划用途，建设程序需遵循法律法规要求。例如，用于合作建房的土地必须通过合法途径取得，且土地用途需符合规划，不能在禁止建设的土地上（如农用地）进行合作建房。同时，协议约定的房屋分配等内容不能损害国家利益、集体利益和他人合法权益。
形式符合要求：
- 如果法律法规要求合作建房协议应采用书面形式，则必须严格遵守。协议需由双方签字或盖章，以确保其法律效力。通常，合作建房涉及重大财产权益，因此建议采用书面合同形式，并可能需要进行相关备案等手续。
土地性质合规：
- 在城市或城镇地区，土地性质需允许进行房地产开发建设。农村宅基地上禁止非法转让和合作建房，除非符合特定法律规定，如农村集体经济组织内部成员之间的合作建房，且需经过相关审批程序。
二、建房合作协议书可能无效的情况
违反法律法规强制性规定：
- 如在集体土地上未经法定程序合作开发商品房出售给非本集体成员，将违反土地管理法的强制性规定，导致协议无效。此外，如果合作建房项目未取得必要的建设审批手续，如建设用地规划许可证、建设工程规划许可证等，也可能导致协议无效。
损害公共利益：
- 若合作建房项目严重影响城市规划、破坏生态环境或损害社会公共利益，如在禁止建设区域合作建房，协议将因损害公共利益而无效。
主体无资质：
- 在需要特定资质的合作建房情形中，如房地产开发合作，若一方不具备相应资质且不符合法律规定的变通情形，协议可能被认定无效。
非法转让宅基地：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》的规定，农村村民一户只能拥有一处宅基地，且禁止宅基地进入市场交易。因此，市民和农民签订协议在宅基地上合作建房的行为是违法的，协议无效。
三、实际操作建议
审查主体资格：
- 在签订建房合作协议书前，应充分了解并确认对方的资质和信誉情况，确保主体适格。
核实土地信息：
- 确认土地性质合法，用途符合规划，并查验相关审批手续是否完备。
审查合同内容：
- 确保合同条款合法、合规，不违反法律法规的强制性规定，且不损害他人合法权益。合同内容应详细明确，包括出资方式、房屋分配、风险承担等关键条款。
及时办理手续：
- 按照法律法规要求，及时办理相关手续，如土地使用权证、建设规划许可证等，以确保合同的合法性和有效性。
寻求法律帮助：
- 在签订合同前或合同履行过程中，如遇任何疑问或争议，应及时向我咨询，以维护自身合法权益。
综上所述，建房合作协议书的合法性取决于多个因素的综合考量。在签订协议书前，请务必谨慎审查并咨询专业法律意见，以确保协议的合法性和有效性。