在违法转包的情况下，与总包单位的结算问题确实是一个复杂且需要细致处理的过程。以下是我基于相关法律法规，为您详细梳理的结算流程与注意事项：
一、结算核心原则
合同约定优先：若总包单位与转包单位（或实际施工人）之间签订了书面合同，并明确约定了工程款的支付方式、金额等条款，那么在工程验收合格后，应首先参照这些合同条款进行结算。
无效合同折价补偿：由于违法转包导致的合同无效，但如果建设工程经验收合格，实际施工人仍有权参照合同关于工程价款的约定进行折价补偿。这是基于《民法典》的相关规定，旨在保障实际施工人的合法权益。
二、具体结算方法
有约定按约定：工程竣工验收合格后，若双方有明确的约定，如固定总价、单价乘以工程量等方式，应按照约定计算工程价款。
无约定或约定不明：
发包人未答复视为认可：若合同中约定了发包人在收到竣工结算文件后一定期限内不予答复则视为认可，那么承包人可以请求按照竣工结算文件结算工程价款，这一请求通常会得到人民法院的支持。
三、特殊情况处理
工程竣工验收不合格：
发包人责任：若实际施工人以发包人为被告主张权利，人民法院会追加转包人或违法分包人为第三人，查明发包人欠付的工程款数额后，判决发包人在欠付范围内对实际施工人承担责任。
四、注意事项与法律责任
确保工程验收合格：这是进行工程款结算的前提条件。未经验收或验收不合格的工程，实际施工人可能无法主张工程款。
收集并保存证据：包括合同、施工图纸、工程量清单、签证单等。这些证据在结算过程中至关重要，能够支持您的结算请求。
协商与诉讼：遇到争议时，应首先尝试与总包单位协商解决。协商不成时，可依法向人民法院提起诉讼，维护自身权益。
法律责任：违法转包行为不仅可能导致合同无效，还可能面临行政处罚，如罚款、责令改正等。同时，因违法转包导致的工程质量问题，承包人还需承担连带赔偿责任。
五、建议与总结
加强合同管理：在签订合同时，应明确约定工程款的支付方式、金额等条款，以避免后续结算过程中的争议。
严格遵守法律法规：避免违法转包行为，确保工程的合法性和质量。
及时咨询专业律师：在结算过程中遇到复杂问题或争议时，及时咨询专业律师，以获取专业的法律意见和支持。
综上所述，违法转包后的工程款结算需要严格遵守相关法律法规，并综合考虑合同约定、实际情况及法律责任。希望以上解答能够对您有所帮助。如有任何进一步的问题或疑虑，请随时咨询。