专利纠纷中，只要双方达成仲裁协议，且纠纷属于可仲裁事项，通常都可以通过仲裁解决。具体来说，以下几类专利纠纷较为常见且适合通过仲裁方式处理：
专利合同纠纷：
- 这类纠纷主要涉及专利的转让、许可使用、实施许可等合同关系。当双方在合同履行过程中产生争议，如专利使用费的支付、专利技术的交付、专利实施的范围等，且合同中明确约定了仲裁条款或事后达成了仲裁协议，那么这些纠纷就可以通过仲裁来解决。
- 例子：甲公司与乙公司签订了一份专利实施许可合同，约定乙公司支付专利使用费后可以使用甲公司的专利技术。但在合同履行过程中，乙公司认为甲公司提供的专利技术存在缺陷，导致无法正常使用，双方因此产生争议。如果合同中有仲裁条款，那么双方就可以将争议提交给仲裁机构进行裁决。
专利侵权纠纷中的财产权益部分：
- 专利侵权纠纷通常涉及侵权行为的认定、赔偿数额的确定等。虽然侵权行为的认定可能涉及法律判断，但赔偿数额的确定往往与双方的财产权益密切相关。在双方同意的情况下，可以将赔偿数额的争议提交给仲裁机构进行裁决。
- 需要注意的是：专利侵权纠纷中的侵权行为认定部分，通常不属于仲裁机构的管辖范围，因为这涉及到对法律事实的判断和法律适用的解释。但是，如果双方仅就赔偿数额产生争议，且愿意通过仲裁解决，那么仲裁机构是可以对赔偿数额进行裁决的。
- 例子：甲公司发现乙公司未经许可使用了其专利技术，并因此产生了经济损失。甲公司向乙公司提起侵权诉讼，要求乙公司赔偿经济损失。在诉讼过程中，双方同意就赔偿数额进行仲裁，那么仲裁机构就可以根据双方提供的证据和法律规定，对赔偿数额进行裁决。
其他与专利有关的财产权益纠纷：
- 除了上述两类纠纷外，还有一些与专利有关的财产权益纠纷，如专利质押、专利投资等过程中产生的争议，也可以通过仲裁方式解决。
- 例子：甲公司将其拥有的专利技术质押给乙银行以获取贷款。在质押期间，甲公司未能按时还款，乙银行要求行使质押权并处置专利技术。甲公司认为乙银行的处置方式不当，双方因此产生争议。如果双方在质押合同中约定了仲裁条款，那么就可以将争议提交给仲裁机构进行裁决。
在处理专利纠纷仲裁时，有几点需要特别注意：
- 仲裁协议的有效性：双方必须达成有效的仲裁协议，这是仲裁机构受理案件的前提条件。仲裁协议应当明确约定仲裁事项、仲裁机构和仲裁规则等关键内容。
- 仲裁机构的管辖权：仲裁机构只能对双方约定且属于其管辖范围内的争议进行裁决。如果争议不属于仲裁机构的管辖范围，或者双方未就争议事项达成仲裁协议，那么仲裁机构将无法受理案件。
- 仲裁裁决的执行力：仲裁裁决具有法律效力，双方应当自觉履行。如果一方不履行仲裁裁决，另一方可以向人民法院申请强制执行。
如果你正面临专利纠纷，并考虑通过仲裁方式解决，建议先仔细审查相关合同和协议中的仲裁条款，确保仲裁协议的有效性。同时，也可以咨询专业律师，了解仲裁的具体流程和注意事项，以便更好地维护自己的合法权益。