结论：在民间借贷纠纷开庭时，若法官缺席而由助理主持调解协议的签署，这一行为是否合法需分情况讨论。一般情况下，调解应当由法官主持，但在特定条件下，法官助理在法官的指导下参与调解工作是被允许的，不过直接签署调解协议通常仍需法官确认或授权。

详细分析

1. 调解的主持者：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，调解是诉讼程序中的一个重要环节，通常应当由承办法官主持。法官作为中立的第三方，负责引导双方当事人进行协商，达成调解协议。
   • 在某些情况下，法官可能会指派其助理或书记员协助进行调解前的准备工作，如整理证据、传达双方意见等。然而，调解协议的最终签署和确认，通常仍需法官亲自进行或至少在法官的明确授权下进行。

2. 法官助理的角色：

   • 法官助理是法官的助手，负责协助法官处理案件中的事务性工作，如起草法律文书、整理案卷材料等。在调解过程中，法官助理可以在法官的指导下参与，但其角色主要是辅助性的，不具有独立主持调解或签署调解协议的权力。
   • 如果法官因故不能亲自主持调解，且未明确授权法官助理签署调解协议，那么法官助理单独主持调解并签署协议的行为可能缺乏法律依据。

3. 合法性的判断：

   • 合法情况：如果法官在调解前明确授权法官助理在特定范围内参与调解，并在调解协议签署前进行审查确认，或者法官通过远程方式（如视频会议）参与调解过程并指导法官助理完成签署，这种情况下可以视为合法。
   • 不合法情况：如果法官未授权或未参与调解过程，法官助理单独主持调解并签署调解协议，则可能违反法定程序，该调解协议可能因缺乏法官的确认或授权而被视为无效或可撤销。

4. 实践中的建议：

   • 对于当事人而言，如果遇到法官缺席而由助理主持调解的情况，有权要求法官亲自参与或确认调解协议，以确保调解的合法性和有效性。
   • 如果对调解过程或结果有疑问，可以在调解协议签署前咨询专业律师，了解自己的权利和义务，避免因程序瑕疵而损害自身利益。

后续行动建议

• 如果您已经遇到了类似情况，且对调解协议的合法性有疑问，建议尽快联系我，提供详细情况，以便我为您进行具体的法律分析和建议。
• 在未来的诉讼过程中，如果再次遇到法官缺席调解的情况，您可以主动要求法官亲自参与或确认调解协议，以保障自己的合法权益。

希望以上分析能对您有所帮助。如果您有任何其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。