在交通运输行政执法调查阶段，若发现同一客运公司不同车辆存在同一违法行为，处罚方式需结合具体违法情形及法律规定综合判断，核心结论如下：

1. 若违法行为属于“同一批次检查发现”且无加重情节
   根据《行政处罚法》第二十九条“对当事人的同一个违法行为，不得给予两次以上罚款的行政处罚”及交通运输领域相关法规（如《道路运输条例》），若不同车辆的违法行为性质相同（如超员、未按规定线路行驶等），且属于同一执法检查中发现的，通常按“同一违法行为主体”处理，即对客运公司合并处罚一次，但需在处罚决定书中载明各车辆违法事实及证据。
   例如：检查中发现该公司3辆客车均超员20%，可对该公司以“超员运输”为由处罚一次，罚款金额按超员比例对应的最高档计算（如《道路交通安全法》第九十二条），而非对每辆车单独处罚。

2. 若违法行为存在“多次实施”或“情节严重”情形
   若不同车辆的违法行为是在不同时间、不同地点独立实施，且经调查证实公司存在管理疏漏或故意纵容（如未落实安全教育、车辆调度混乱），则可能被认定为“多个独立违法行为”，需对每辆车分别处罚，同时可对公司追加“未履行安全管理主体责任”的处罚（如《安全生产法》第一百一十四条）。
   例如：公司A车在1月超员被查，B车在3月又超员，且公司未整改，此时可对A车、B车分别处罚，并对公司以“未落实安全生产制度”罚款。

3. 特殊情形：从重或从轻处罚的适用

   • 从重处罚：若违法行为导致事故、严重拥堵或社会影响恶劣（如节假日超员引发舆论关注），可依据《行政处罚法》第三十二条对客运公司从重处罚，即使违法行为相同，罚款幅度可能提高。
     
   • 从轻处罚：若公司主动配合调查、立即整改（如召回违法车辆、加强司机培训），可依据《行政处罚法》第三十二条申请减轻或免除部分罚款。

实务建议：

• 执法部门需严格区分“同一违法行为”与“多个独立违法行为”，关键看违法时间、地点、主观意图是否独立；
  
• 客运公司应建立车辆违法记录台账，定期自查，避免因管理失职被追加处罚；
  
• 若对处罚有异议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼，重点审查执法部门对“违法行为独立性”的认定是否合理。
  

如有具体案件细节（如违法类型、时间间隔等），可进一步向我咨询，我会结合地方法规提供更精准的分析。