结论：超过一年申请时效，人社部门做出工伤认定是否程序违法，需分情况讨论，一般情况下，若不存在法定中止、中断情形，超过一年申请时效后，人社部门不应受理并作出工伤认定，此时若作出则程序违法；但若存在法定中止、中断情形，时效相应顺延，超过原一年期限后申请，人社部门受理并作出工伤认定则程序合法。
详细分析
- 工伤认定申请时效的一般规定
根据《工伤保险条例》第十七条的规定，职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。遇有特殊情况，经报社会保险行政部门同意，申请时限可以适当延长。用人单位未按前款规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
这意味着，一般情况下，工伤职工或者其近亲属、工会组织应在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内提出工伤认定申请。
超过申请时效的法律后果
- 程序违法性：如果超过了上述1年的申请时效，且不存在法定中止、中断的情形，那么人社部门通常不应再受理该工伤认定申请。如果人社部门在此情况下仍然受理并作出了工伤认定，那么从程序上来说，这是违法的。
- 实体权利的影响：超过申请时效并不意味着工伤职工就完全丧失了获得工伤赔偿的权利。如果工伤职工能够证明存在法定中止、中断的情形（如因不可抗力或者其他正当理由耽误法定申请期限的），那么时效可以相应顺延。此外，即使超过了申请时效，工伤职工仍然可以通过其他途径（如民事诉讼）来主张自己的权益，但可能需要承担更重的举证责任。
法定中止、中断的情形
- 中止情形：根据相关法律法规和司法实践，中止情形通常包括因不可抗力（如自然灾害、战争等）导致无法申请工伤认定，或者工伤职工因丧失行为能力等原因无法自行申请等。
- 中断情形：中断情形则通常包括工伤职工在申请时效内已经向用人单位提出了工伤认定申请，但用人单位未按规定处理；或者工伤职工已经向有关部门投诉、举报等，导致申请时效中断并重新计算等。
实际操作中的建议
- 及时申请：为了避免不必要的法律风险和纠纷，建议工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起尽快提出工伤认定申请。
- 保留证据：如果确实存在法定中止、中断的情形，建议工伤职工或者其近亲属、工会组织及时保留相关证据（如不可抗力的证明、向用人单位提出申请的记录等），以便在需要时证明自己的权益。
- 咨询专业律师：如果对于工伤认定申请时效、法定中止中断情形等存在疑问或者需要进一步的法律帮助，建议及时咨询专业律师。
最后，每个案件的具体情况都有所不同，如果你遇到了类似的问题或者需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。