若发现对方公司名注册侵犯了您的商标权，可按照以下步骤向工商部门申诉：

1. 收集证据

   • 商标权证明：提供商标注册证书，这是证明您拥有商标权的核心文件，需确保证书真实有效且在有效期内。若商标存在续展、变更等情况，还需准备相应的续展、变更证明文件。
   • 侵权证据：收集能证明对方公司名称侵犯您商标权的各类证据。例如，对方公司的工商登记信息，包括公司名称、注册地址、法定代表人等，可通过国家企业信用信息公示系统等官方渠道获取；对方在实际经营中使用该名称的证据，如宣传资料、产品包装、店铺招牌、网站内容等，可通过拍照、录像、公证等方式进行固定。
   • 知名度证据：如果您的商标具有一定的知名度，提供相关证据能增强申诉的说服力。比如商标的使用时间、范围、广告宣传投入、所获荣誉等材料，可证明该商标在相关公众中具有较高的知名度和影响力。

2. 撰写申诉材料

   • 申诉书：应明确写明申诉人的基本信息，包括姓名、联系方式、地址等；被申诉人即侵权公司的相关信息；申诉请求，如要求工商部门责令侵权公司停止使用该名称、变更公司名称等；申诉的事实和理由，详细阐述对方公司名称如何侵犯了您的商标权，包括商标的注册情况、使用情况，以及对方公司名称与您商标的相似性、可能导致的混淆等方面。
   • 证据清单：对收集到的各类证据进行整理，列出详细的证据清单，注明证据的名称、来源、证明内容等信息，并将证据按照清单顺序进行编号，方便工商部门审查。

3. 提交申诉材料

   • 确定管辖部门：根据侵权公司的注册地或实际经营地，确定有管辖权的工商行政管理部门。一般来说，应向侵权公司登记机关所在地的县级以上工商行政管理部门提出申诉。
   • 提交方式：可以选择直接前往工商部门的服务窗口提交申诉材料，也可以通过邮寄的方式将材料寄送至工商部门。若选择邮寄，建议使用挂号信或特快专递，并保留好邮寄凭证，以便查询邮件的投递情况。

4. 配合调查

   • 工商部门受理申诉后，会依法对案件进行调查：在此过程中，您需要积极配合工商部门的工作，如实提供相关信息和证据。如果工商部门要求您补充材料或进一步说明情况，应及时响应并提供必要的协助。
   • 参加听证（如有需要）：在某些情况下，工商部门可能会组织听证，听取申诉人和被申诉人的意见和陈述。如果您收到听证通知，应按时参加听证，并在听证过程中充分阐述自己的观点和理由，维护自己的合法权益。

5. 关注处理结果

   • 工商部门会在法定期限内对申诉案件作出处理决定：您需要关注处理结果的通知，如果对处理结果不满意，可以在规定的时间内依法申请行政复议或提起行政诉讼。

在处理此类商标侵权纠纷时，每个案件的具体情况都有所不同，如果您在申诉过程中遇到任何问题，可直接向我咨询。