非法捕鱼行为主要由农业农村部门（渔业行政主管部门）负责管理，同时根据具体情节可能涉及其他部门的联合执法或单独处理。以下从不同角度详细分析：

1. 一般情况下的管理主体
   根据《中华人民共和国渔业法》及相关规定，农业农村部门（原渔业部门）是渔业资源保护、渔业生产管理的主管部门。非法捕鱼行为，如使用禁用渔具、在禁渔区或禁渔期捕鱼等，通常由农业农村部门负责查处。他们有权对违法行为进行调查、取证，并依法作出行政处罚，如罚款、没收渔具和违法所得等。

2. 涉及刑事犯罪的情况
   如果非法捕鱼行为情节严重，构成犯罪（如非法捕捞水产品罪），则案件将移交公安机关处理。公安机关会依据《中华人民共和国刑法》的相关规定，对犯罪嫌疑人进行刑事立案侦查，并可能移送检察机关提起公诉。此时，农业农村部门可能会配合公安机关提供技术鉴定、渔获物价值评估等支持。

3. 特殊水域或特定情形下的管理

   • 长江流域等重点水域：在长江流域等实行特殊保护的水域，非法捕鱼行为可能受到更严格的监管。除了农业农村部门外，还可能涉及水利、生态环境等部门的联合执法。
     
   • 海洋渔业：在海洋渔业领域，非法捕鱼行为可能由海洋渔业部门（或农业农村部门下属的海洋渔业管理机构）负责管理，同时可能涉及海警部门的执法。
     
   • 自然保护区或生态红线区域：在这些特殊区域内非法捕鱼，可能同时违反自然保护区管理、生态环境保护等相关法律法规，由相应主管部门（如林业和草原部门、生态环境部门）负责处理。

4. 其他相关部门的协作
   在查处非法捕鱼行为时，农业农村部门可能与其他部门（如市场监管部门、交通运输部门等）开展协作。例如，市场监管部门可能负责对非法捕捞渔获物的销售环节进行监管；交通运输部门可能负责对非法捕鱼船只的航行、停泊等进行管理。

建议：

• 如果您发现非法捕鱼行为，可以向当地农业农村部门（渔业行政主管部门）举报，他们会根据具体情况进行查处。
  
• 如果非法捕鱼行为涉及刑事犯罪，您也可以直接向公安机关报案。
  
• 在举报或报案时，请尽量提供详细的线索和证据，如时间、地点、涉事人员、渔具类型等，以便相关部门及时、有效地进行查处。

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