非法捕捞一般是由旗县级以上人民政府渔业行政主管部门进行处理。

具体来说，根据《内蒙古自治区实施<中华人民共和国渔业法>办法》的相关规定，旗县级以上人民政府渔业行政主管部门对在禁渔区、禁渔期非法捕捞或者收购、运输、销售非法捕捞的渔获物的行为，具有处罚权。这种处罚可能包括没收渔获物或违法所得，并可以并处一定数额的罚款。

此外，非法捕捞还可能触犯《中华人民共和国渔业法》、《中华人民共和国野生动物保护法》等相关法律，并可能面临更严厉的处罚，包括但不限于罚款、没收渔具、吊销捕捞许可证，甚至可能构成犯罪，被依法追究刑事责任。

因此，建议遵守相关法律法规，不进行非法捕捞活动。如有任何关于非法捕捞的法律问题或疑问，可以直接向我咨询，我会提供专业的法律解答和建议。