结论：未预交上诉费但二审已发现一审程序违法时，案件的处理需分情况讨论，主要取决于上诉期是否已过、上诉费补交情况以及程序违法是否影响案件公正审理等因素。以下是具体分析：

1. 若上诉期未过，可补交上诉费并继续二审程序
   根据《诉讼费用交纳办法》第二十二条，上诉人未在指定期限内预交上诉费的，法院会通知其预交；若在通知后7日内仍未预交且未申请缓交、减交或免交，法院将按自动撤回上诉处理。但若上诉期尚未届满，上诉人仍可补交上诉费，二审法院会继续审理。此时，若二审法院发现一审程序违法（如未依法送达、剥夺辩论权等），应根据《民事诉讼法》第一百七十七条，裁定撤销原判、发回重审，或直接改判（若程序违法未影响案件公正审理）。

2. 若上诉期已过且未补交上诉费，二审程序可能终止
   若上诉人未在上诉期内预交上诉费，且未在法院通知后7日内补交，二审法院将按自动撤回上诉处理，一审判决生效。此时，即使二审法院发现一审程序违法，也因程序终结而无法直接纠正。但上诉人仍可通过其他途径救济：

   • 申请再审：根据《民事诉讼法》第二百零七条，若一审程序违法（如违反法定程序可能影响案件公正判决）属于再审事由，上诉人可向原审法院或上一级法院申请再审，法院应裁定再审并中止原判决执行。
     
   • 检察监督：若法院驳回再审申请，上诉人可向检察院申请检察建议或抗诉，由检察院依法监督。

3. 程序违法是否影响案件公正审理是关键
   二审法院在处理程序违法问题时，会重点审查其是否影响案件公正判决。例如：

   • 若一审未依法送达导致当事人未能参与诉讼，可能剥夺其辩论权，属于“严重违反法定程序”，二审应发回重审；
     
   • 若程序违法仅为技术性瑕疵（如庭审笔录遗漏部分陈述），且未影响实体判决，二审可能直接维持原判或改判。

建议：

• 若您是上诉人，立即补交上诉费（若上诉期未过），避免程序终结；
  
• 若上诉期已过，尽快准备再审申请材料，重点说明一审程序违法的具体情形及对案件的影响；
  
• 收集一审程序违法的证据（如送达回证、庭审记录等），以支持再审或检察监督申请。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案情为您详细分析。