结论：财务专用章和法人章是否分开保管，虽无法律层面的强制性规定，但从公司内部控制和风险管理的角度出发，强烈建议分开保管，以确保公司资金安全、规范运营，并降低潜在的法律风险。
一、分开保管的必要性
资金安全风险防控：
- 财务专用章是公司进行银行账户操作、开具支票、发票盖章等财务活动的关键印鉴。若与法人章（代表公司法定代表人身份和授权）由同一人保管，将极大增加未经授权的资金转移风险。例如，保管人员可能私自开具支票，将公司资金转至个人账户，导致公司资金被挪用或侵占。
- 分开保管能确保每次资金操作都经过至少两人的审核和确认，有效降低资金安全风险。
合同风险防控：
- 在签订重要合同时，财务专用章和法人章的联合使用确认了合同的有效性及财务条款的约束力。若一人掌握两枚印章，可能擅自签订对公司不利的合同，引发经济损失和法律纠纷。
- 分开保管能确保合同签订过程受到多重监督，减少合同风险。
内部控制与监督制衡：
- 财务管理需建立相互监督和制约的机制。当财务专用章和法人章分别由不同人员保管时，每次用章均需经过多重审核，有效防止错误和舞弊。
- 分开保管是公司内部控制的重要组成部分，有助于维护公司的利益和声誉。
二、分开保管的具体操作建议
财务专用章的保管：
- 通常由财务部门中的专人（如财务经理、财务主管或出纳、会计）保管。这是因为财务部门在日常工作中频繁使用财务专用章，此安排能提高工作效率。
- 为加强内部控制，可采取分开保管与共同使用的方式，即将财务专用章的不同部分或使用权限分别交给不同的财务人员。在需要使用时，相关人员需共同完成盖章操作。
法人章的保管：
- 可由法定代表人亲自保管，以确保对公司重要决策和文件签署的直接控制。
- 考虑到法定代表人可能因工作繁忙无法随时处理盖章事务，也可交由行政部门或特别指定的可靠人员保管。但在使用时，必须严格按照公司的审批流程进行登记和审批。
三、特殊情况下的处理建议
公司规模较小或人员有限：
- 若公司规模较小或人员有限，暂时无法完全分开保管财务专用章和法人章，应采取其他措施加强对印章使用的监督和管理。
- 例如，建立用章登记制度，记录每一次印章的使用情况；定期审计财务账目，及时发现并纠正可能存在的问题。
紧急情况下的用章需求：
- 在紧急情况下，若需同时使用财务专用章和法人章，应确保有至少两名授权人员在场，并共同完成盖章操作。
- 事后应及时补办相关审批手续，并记录紧急用章的原因和过程。
四、法律后果与风险提示
法律后果：
- 若财务专用章和法人章由同一人保管，且该人利用职务之便进行违法活动（如挪用资金、签订虚假合同等），将承担相应的法律责任。
- 公司也可能因印章管理不善而面临法律纠纷和声誉损失。
风险提示：
- 公司应定期对印章的保管和使用情况进行检查和审计，确保印章的合法、合规使用。
- 一旦发现印章遗失、被盗或损毁等情况，应立即采取应急措施防范风险，并及时向相关部门报告和处理。
总结与建议：财务专用章和法人章的分开保管是公司内部控制和风险管理的重要环节。公司应结合自身实际情况和管理制度，制定合理的保管安排，并严格遵守相关审批流程和安全措施。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。