滞纳金的计算方式需根据具体法律关系和合同约定来确定，留底清欠抵了滞纳金的情况下，滞纳金的计算仍需回归其原始计算规则。以下从不同法律关系角度为你详细分析滞纳金的计算方式：

1. 税收领域
   在税收征管中，滞纳金是因纳税人未按时缴纳税款而产生的。根据《税收征收管理法》第三十二条规定，滞纳金按日加收滞纳税款万分之五。计算公式为：滞纳金=滞纳税款×0.05%×滞纳天数。例如，若应纳税款为10万元，逾期30天，则滞纳金为10万×0.05%×30=1500元。需注意，税收滞纳金不得超过税款本金，且留底清欠（即用留抵税额抵减欠税）时，滞纳金会随欠税一并抵减，但计算基数仍为原始欠税金额。

2. 行政处罚领域
   行政机关对逾期履行行政处罚决定的当事人加收滞纳金时，依据《行政强制法》第四十五条，滞纳金标准为每日3%，但不得超过金钱给付义务本金。例如，若罚款为5万元，逾期100天，滞纳金最高为5万×3%×100=15万元，但实际收取不得超过5万元本金。若用留底资金抵缴，需先抵本金再抵滞纳金，且滞纳金计算以原始罚款金额为基数。

3. 合同领域
   民事合同中的滞纳金本质为违约金，其计算需遵循《民法典》第五百八十五条：

   • 有约定：按合同约定比例计算，但若约定过高（如超过损失30%），法院可调整；
     
   • 无约定：可主张实际损失（如资金占用利息），通常按LPR（贷款市场报价利率）计算。
     例如，合同约定逾期付款按日1‰支付滞纳金，若欠款10万元逾期20天，则滞纳金为10万×1‰×20=2000元。若用留底货款抵销，滞纳金仍按原始欠款金额计算，抵销后剩余部分可继续主张。

关键提醒：

• 滞纳金与利息、违约金可能并存，但性质不同，需区分计算；
  
• 留底清欠仅改变支付方式，不影响滞纳金计算基数和标准；
  
• 若对滞纳金金额有争议，建议结合具体法律关系、合同条款及实际损失举证。
  

如有进一步细节（如具体领域、合同条款等），可随时补充说明，我会为你细化分析。