关于公司制定规章制度进行罚款是否合法的问题，这确实是一个涉及劳动法、劳动合同法以及行政处罚法等多个法律领域的复杂议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、一般情况下的不合法性
在大多数情况下，公司制定规章制度对员工进行罚款是不合法的。这是因为：
法律未授权：根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》，用人单位虽然有权依法建立和完善规章制度，但这些法律并未明确赋予用人单位直接对员工进行罚款的权力。
行政处罚的专属性：罚款是行政处罚的一种，根据《中华人民共和国行政处罚法》，只有行使国家行政权力的行政管理机关或者法律授权行使行政权力的机构才有权实施罚款。公司作为民事主体，并不具备这样的行政处罚权。
二、特定情况下的合理性
尽管一般情况下的罚款不合法，但在某些特定情况下，公司可以要求员工进行经济赔偿，这并非传统意义上的“罚款”，而是基于损失赔偿的合理性。具体来说：
员工故意或重大过失：如果员工因故意或重大过失给公司造成了实际的经济损失，公司可以依据劳动合同和相关法律规定，要求员工进行经济赔偿。
赔偿的限制：根据《工资支付暂行规定》第十六条，公司从员工工资中扣除赔偿时，每月扣除的部分不得超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
三、公司合法管理员工的措施
为了确保公司正常运营并维护员工纪律，公司可以采取以下合法措施来管理员工：
警告制度：对于轻微违规行为，公司可以给予口头或书面警告，作为提醒和改正的机会。
解除劳动合同：对于严重违反公司规章制度或劳动合同约定的行为，公司有权依法解除劳动合同。
经济损失赔偿：在员工因个人原因造成公司经济损失的情况下，公司可以要求其进行合理赔偿，但需遵守上述赔偿限制。
绩效考核与激励：通过设立合理的绩效考核体系，对表现优秀的员工给予奖励，对表现不佳的员工进行辅导和改进。
培训与教育：定期组织员工培训，提升员工的职业素养和技能水平，增强员工对公司规章制度的理解和遵守意识。
四、制定与执行规章制度的注意事项
公司在制定和执行规章制度时，还需注意以下几点：
内容合法合理：规章制度的内容必须符合法律法规的要求，不侵犯员工的合法权益，且罚款条款（如涉及）应明确、合理。
程序合规：涉及劳动者切身利益的规章制度或重大事项，应当经职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。
公示与告知：规章制度制定后，应向全体员工公示或告知，确保员工对其有充分的了解和认知。
定期审查与更新：随着法律法规的变化和公司实际情况的调整，公司应定期对规章制度进行审查和更新。
综上所述，公司制定规章制度对员工进行罚款在一般情况下是不合法的。公司应严格遵守相关法律法规，采取合法且合理的方式来管理员工，确保公司的稳健发展和员工的合法权益得到保障。