结论：项目甲方在验收后两年审计发现问题是否会追回款，这主要取决于合同中的具体约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
合同约定角度：
- 合同中有明确约定：如果合同中明确规定了验收后的审计期限以及在此期限内发现问题的处理方式，包括是否追回款、追回的比例、方式等，那么双方应当按照合同约定执行。例如，合同可能规定，验收后两年内，如甲方审计发现乙方存在多计工程量、提高单价等违约行为，甲方有权要求乙方返还多收的款项，并可能规定相应的违约金或利息。
- 合同中无明确约定：如果合同中没有明确规定验收后审计发现问题如何处理，那么双方可能需要通过协商来解决。协商不成的，可能需要根据相关法律法规的规定，或者通过诉讼、仲裁等法律途径来解决争议。
法律法规角度：
- 一般原则：根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，合同双方应当遵循诚实信用原则，履行各自的义务。如果乙方在合同履行过程中存在违约行为，导致甲方遭受损失，甲方有权要求乙方承担赔偿责任。这包括要求乙方返还多收的款项。
- 诉讼时效：需要注意的是，即使合同中没有明确规定审计期限和追回款的问题，甲方在发现乙方违约行为后，也应当在法定的诉讼时效期间内提起诉讼或仲裁，以维护自己的合法权益。一般来说，民事诉讼的时效期间为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。但具体诉讼时效可能因合同类型、法律规定等因素而有所不同。
实际操作角度：
- 审计流程：在实际操作中，甲方通常会在验收后进行审计，以确认乙方的履约情况。如果审计发现问题，甲方应当及时与乙方沟通，要求乙方进行解释或提供相关证据。如果乙方无法合理解释或提供证据，甲方有权根据合同约定或法律法规的规定要求乙方追回款。
- 证据收集：甲方在要求乙方追回款时，应当注意收集相关证据，如审计报告、合同、履约过程中的往来函件等，以证明乙方的违约行为和自己的损失情况。
建议：
- 对于乙方而言，为了避免在验收后因审计问题被追回款，应当在合同履行过程中严格遵守合同约定和法律法规的规定，确保履约行为的合法性和合规性。同时，在合同签订时，可以与甲方协商明确验收后的审计期限和追回款等问题的处理方式，以减少后续争议。
- 对于甲方而言，在验收后进行审计时，应当确保审计的公正性和准确性。如果发现乙方存在违约行为，应当及时与乙方沟通并要求追回款。同时，也要注意在法定的诉讼时效期间内提起诉讼或仲裁，以维护自己的合法权益。
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