办理设施农用地后，其土地性质是否算作耕地，需分情况讨论：

1. 若设施农用地占用的是原有耕地
   根据《自然资源部、农业农村部关于设施农业用地管理有关问题的通知》（自然资规〔2019〕4号），设施农用地属于农业内部结构调整范畴，不改变土地用途（仍为农用地），但需办理备案手续。此时：

   • 土地性质仍属于耕地，但用途限定为设施农业（如种植、养殖的辅助设施用地）；
     
   • 无需办理农用地转用审批，但需符合耕地保护要求（如不得破坏耕作层、不得硬化地面等）。

2. 若设施农用地占用的是非耕地（如未利用地、建设用地等）

   • 若占用未利用地或建设用地，土地性质本身不属于耕地，办理设施农用地备案后，仍保持原用途（非耕地）；
     
   • 若占用其他农用地（如园地、林地），需根据地方政策判断是否需补划耕地，但土地性质不直接转为耕地。

关键提醒：

• 设施农用地严禁占用永久基本农田（除非种植设施涉及少量硬化地面且已补划），否则可能涉及违法用地；
  
• 设施农用地备案后，若改变用途（如转为建设用地或非农用途），需依法办理农用地转用审批，否则可能面临拆除、罚款等法律风险。
  

建议：
若您涉及设施农用地项目，建议提前核实土地性质（通过当地自然资源部门查询地类），并严格按备案范围使用土地，避免因用途变更引发法律纠纷。如有具体项目，可进一步向我咨询合规流程。