在股权转让纠纷中，并非必须起诉公司，是否将公司列为被告需根据具体情况判断。以下是对此问题的详细分析：
一、通常不将公司列为被告的情形
- 股权转让合同纠纷：
- 股权转让本质上是股东之间的个人行为，公司本身并不直接参与股权的买卖。如果纠纷主要是围绕股权转让合同的履行、效力等问题，如转让方未按照合同约定交付股权、受让方未支付股权转让款等，纠纷的主体是转让方和受让方，此时一般不将公司列为被告。
- 举例：甲和乙签订股权转让协议，约定甲将其持有的A公司股权转让给乙，但乙未按约支付款项，此时纠纷主要在甲和乙之间，不会将A公司列为被告。
二、可以将公司列为被告的情形
公司未履行协助义务：
- 根据《公司法》的相关规定，公司有义务将股东的姓名或名称及其出资额向公司登记机关登记，并在登记事项发生变更时办理变更登记。如果股权转让后，公司拒绝或拖延办理股权变更登记手续，导致受让方无法正常取得股东身份和行使股东权利，受让方可以公司为被告，要求其履行协助办理股权变更登记的义务。
- 举例：甲将A公司股权转让给乙，双方签订了合法有效的协议且乙已支付款项，但A公司拒绝办理变更登记，此时乙可将A公司列为被告。
公司侵害股东优先购买权：
- 当股东向股东以外的人转让股权时，其他股东在同等条件下享有优先购买权。如果公司违反规定，在未通知其他股东的情况下协助完成股权变更登记，导致其他股东的优先购买权受到侵害，其他股东可以公司为被告，请求法院确认股权转让行为无效。
- 举例：B公司股东丙将股权转让给丁（非股东），公司未通知其他股东即办理变更登记，此时其他股东可将B公司列为被告。
公司存在违法行为：
- 如公司在股权转让过程中提供虚假信息、协助股东逃避债务等违法行为，且这些行为对股权转让产生了实质性影响，公司也可能成为被告。但这种情况相对较少见，且需要具体证据来证明公司的违法行为。
三、法律建议
- 仔细分析案情：在处理股权转让纠纷时，应首先仔细分析案情，明确纠纷的性质和主体，以确定是否将公司列为被告。
- 收集充分证据：无论是否将公司列为被告，都需要收集充分的证据来支持自己的主张。这包括股权转让协议、付款凭证、沟通记录、公司登记信息等。
- 咨询专业律师：虽然在此我提供了全面的法律分析，但每个具体案件都有其独特性。因此，在处理股权转让纠纷时，建议直接向我咨询，以便根据具体情况提供更准确的法律意见和帮助。
综上所述，股权转让纠纷中是否起诉公司需根据具体情况判断。在处理此类纠纷时，应仔细分析案情、收集充分证据，并根据需要咨询专业律师以确保合法权益得到有效维护。