结论前置：如果检察院对交通肇事罪决定不起诉，通常情况下是不会留下案底的，但具体还需根据不起诉的类型来判断。
详细分析如下：
一、案底的定义
案底，即犯罪记录，是指某人过去犯法或犯罪行为的正式记录，这些记录通常由法院在判决后形成，并伴随个人终身。在刑事法律语境下，案底主要指的是被法院判定有罪后留下的记录。
二、交通肇事罪不起诉的类型与案底关系
法定不起诉（绝对不起诉）
- 情形：根据《刑事诉讼法》的相关规定，若交通肇事行为存在情节显著轻微、危害不大不认为是犯罪、犯罪已过追诉时效期限、经特赦令免除刑罚、依照刑法告诉才处理的犯罪没有告诉或撤回告诉、犯罪嫌疑人或被告人死亡，以及其他法律规定免予追究刑事责任等情形，检察院会作出法定不起诉决定。
- 案底情况：由于这些情形下行为本身不被认定为犯罪，因此不会留下案底。
酌定不起诉（相对不起诉）
- 情形：对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。在交通肇事案件中，若肇事行为虽然构成犯罪但情节轻微，如肇事后果较轻、积极赔偿被害人并取得谅解、有自首立功等情节，检察院可能会酌定不起诉。但此处存在一个常见的误解，实际上，酌定不起诉在法律上仍然视为构成犯罪，只是基于情节轻微等原因不予刑事处罚，因此严格意义上来说，是会留有“案底”的，但这个“案底”与法院判决后的犯罪记录在性质和影响上有所不同，它更多是在司法机关内部留存，不对外公开，且不影响个人的基本权利和义务。不过，从通俗理解的角度，且结合多数公众对于“案底”即法院判决后犯罪记录的认知，我们可以认为在酌定不起诉的情况下，不留下通常意义上的、对外公开的“案底”。但为了全面准确，特此说明上述法律上的细微差别。
- 通俗理解下的案底情况：不留下通常意义上的、对外公开的“案底”。
存疑不起诉（证据不足不起诉）
- 情形：根据《刑事诉讼法》的规定，对于补充侦查后仍然认为证据不足、不符合起诉条件的案件，检察院应当作出不起诉决定。在交通肇事案件中，若证据无法达到确实、充分的证明标准，无法认定犯罪嫌疑人的行为构成交通肇事罪，则检察院会存疑不起诉。
- 案底情况：由于证据不足不能认定犯罪嫌疑人有罪，按照疑罪从无的原则，不会留下案底。但若后续发现新证据符合起诉条件并提起公诉，最终被判定有罪，则会留下案底。
三、不起诉后的其他法律后果
- 无论检察院作出何种不起诉决定，交通肇事者仍需对受害方承担民事赔偿责任，包括但不限于医疗费用、误工费、丧葬费以及可能的精神损害抚慰金等。
四、建议
- 如果您或您身边的人遇到了交通肇事罪不起诉的情况，想要更详细地了解是否会留下案底以及后续的法律后果，可以直接向我咨询。我会根据具体情况，结合相关法律法规和司法实践，为您提供专业、全面的法律意见。
综上所述，交通肇事罪不起诉是否会有案底，主要取决于不起诉的类型。在法定不起诉和存疑不起诉（若后续无新证据）的情况下，通常不会留下案底；而在酌定不起诉的情况下，从通俗理解的角度，不留下通常意义上的、对外公开的“案底”，但需注意法律上的细微差别。无论何种情况，都建议咨询专业律师以获取更详细和准确的法律意见。