超限违章的处罚主体，既可能是交通运输部门，也可能是交警部门，具体取决于超限的具体情形和相关的法律法规规定。以下从不同角度为你详细分析：
交通运输部门处罚的情形：
- 当车辆超限主要涉及的是货物装载、车辆载重等与交通运输管理直接相关的方面时，通常由交通运输部门负责处罚。例如，根据《中华人民共和国公路法》以及《公路安全保护条例》的相关规定，对于在公路上行驶的车辆，其车货总质量、轴载质量等超过公路、公路桥梁、公路隧道或者汽车渡船的限定标准的，交通运输主管部门有权进行处罚，包括罚款、责令改正等措施。
交警部门处罚的情形：
- 如果车辆超限行为同时违反了道路交通安全法规，如超载行驶、擅自改变机动车外形和已登记的有关技术数据等，那么交警部门也有权进行处罚。例如，根据《中华人民共和国道路交通安全法》的规定，机动车载物应当符合核定的载质量，严禁超载；载物的长、宽、高不得违反装载要求。违反这些规定的，交警部门可以依法对驾驶人进行罚款、记分等处罚。
综合处罚的情形：
- 在某些情况下，车辆超限行为可能同时触犯了交通运输管理和道路交通安全两方面的法规，此时可能会面临交通运输部门和交警部门的联合处罚。这种情况下，两个部门会根据各自的职责和法律法规规定，分别对超限行为进行处罚，或者协商确定一个综合的处罚方案。
法律建议：
- 如果你遇到了超限违章的情况，首先需要明确自己的超限行为具体违反了哪些法律法规规定。
- 然后，根据超限的具体情形和相关的法律法规规定，判断可能面临的处罚主体和处罚措施。
- 最后，积极配合相关部门的调查和处理工作，及时改正超限行为，以避免进一步的法律后果。
可能后果：
- 如果不及时改正超限行为，可能会面临更严重的处罚，包括更高的罚款、吊销驾驶证、扣留车辆等。
- 超限行为还可能对道路交通安全造成严重影响，增加交通事故的风险，给自己和他人的生命财产安全带来威胁。
因此，我建议你严格遵守交通运输管理和道路交通安全方面的法律法规规定，确保车辆装载和行驶符合相关标准，以维护道路交通安全和自身合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。