在行政案件中，当事人不配合调查是一个需要谨慎处理的问题。作为专业律师，我将从多个角度为你分析并给出建议。

一、明确告知义务与后果

1. 说明理由：行政机关在调查时，应向当事人详细解释调查的目的、依据以及不配合调查可能带来的法律后果。这有助于消除当事人的疑虑和抵触情绪，促使其积极配合调查。例如，在环保执法中，如果当事人不配合调查其排污行为，行政机关可以明确告知其可能面临的罚款、停产整顿等后果。
2. 强调法律责任：行政机关应明确指出当事人有义务配合调查工作，这是法律规定的责任和义务。如果当事人拒绝配合或阻挠调查，将承担相应的法律责任，包括但不限于行政处罚、刑事责任等。

二、采取合法强制措施

1. 依法实施强制手段：在必要时，行政机关可以依照相关法律法规的规定，对当事人采取一定的强制措施，如强制传唤、查封、扣押等，以确保调查的顺利进行。但需注意，这些措施必须严格依法进行，避免侵犯当事人的合法权益。例如，在税收执法中，如果当事人拒不提供账簿资料，税务机关可以依法查封其经营场所或扣押相关财物。
2. 申请司法机关协助：若当事人拒不配合且情节严重，构成妨碍公务等违法行为时，行政机关可依法向公安机关报案，由公安机关按照治安管理处罚法进行处理；对于涉及刑事犯罪的案件，还可移送司法机关追究刑事责任。

三、完善证据收集方式

1. 多渠道取证：行政机关应通过现场勘查、询问相关人员、调取监控录像等多种方式，尽可能全面地收集与案件有关的证据材料。即使当事人不配合，也能确保调查工作的正常推进。例如，在交通执法中，如果当事人拒不接受酒精测试，行政机关可以通过调取监控录像、询问目击者等方式收集证据。
2. 利用技术手段：借助现代科技手段，如电子数据取证、远程视频询问等，提高取证的效率和准确性。这些技术手段可以在不直接接触当事人的情况下完成取证工作，降低调查难度。

四、规范执法程序与保障救济权利

1. 严格遵循法定程序：在整个调查过程中，行政机关必须严格遵守法律法规规定的程序要求，包括出示证件、表明身份、制作笔录等环节，确保执法的公正性和合法性。这有助于增强当事人对调查的信任感和配合度。
2. 保障陈述申辩权：在作出行政处罚决定前，行政机关应充分听取当事人的意见和申辩，并记录在案。这不仅是对当事人权利的尊重，也有助于查明事实真相，确保处罚决定的准确性和合理性。
3. 提供救济途径：行政机关应告知当事人如对处罚决定不服，有权依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自身合法权益。这有助于增强当事人对法律的信任感和遵守法律的自觉性。

五、特殊情况处理

如果当事人因特殊原因（如时间冲突、健康问题等）不能立即配合调查，应及时与行政机关沟通，说明情况并请求调整调查时间或方式。保持诚恳积极的沟通态度有助于解决问题并避免不必要的法律纠纷。

总结与建议：面对行政案件中当事人不配合调查的情况，行政机关应首先明确告知当事人其义务和后果，然后依法采取必要的强制措施和完善证据收集方式。同时，规范执法程序并保障当事人的救济权利也是至关重要的。如果当事人因特殊原因不能立即配合调查，应及时与行政机关沟通并寻求解决方案。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。