结论：甲乙方合同签约系统不一样，能否合并一起盖电子章，这主要取决于双方合同中的具体约定以及相关法律法规对电子签章的规定。若合同中有明确约定允许在不同系统上合并使用电子章，且该电子签章符合法律法规的要求，则可以进行合并盖章；若合同无明确约定或电子签章不符合规定，则不建议合并盖章。以下从不同角度进行详细分析：

一、合同约定角度

1. 合同有明确约定：

   • 如果甲乙双方在合同中明确约定了可以在不同签约系统上合并使用电子章，并且双方均同意并认可这种盖章方式，那么从合同自由原则出发，这种盖章方式是被允许的。
   • 在这种情况下，双方应确保电子签章的真实性、合法性和有效性，避免因签章问题引发纠纷。

2. 合同无明确约定：

   • 如果合同中没有明确约定是否可以在不同签约系统上合并使用电子章，那么双方应谨慎处理。
   • 在这种情况下，建议双方先进行协商，达成一致意见后再进行盖章操作，以避免后续可能出现的纠纷。

二、法律法规角度

1. 电子签章的合法性：

   • 根据《中华人民共和国电子签名法》等相关法律法规，电子签章与手写签名或盖章具有同等的法律效力，但前提是电子签章必须符合法律法规的要求。
   • 因此，在合并使用电子章时，双方应确保所使用的电子签章符合法律法规的规定，如使用可靠的电子签名、确保电子签章的真实性和完整性等。

2. 不同签约系统的兼容性：

   • 如果甲乙双方的签约系统不兼容，可能会导致电子签章无法正常显示或验证，从而影响合同的法律效力。
   • 因此，在合并使用电子章前，双方应测试不同签约系统之间的兼容性，确保电子签章能够在双方系统上正常显示和验证。

三、实际操作建议

1. 明确合同条款：

   • 在签订合同时，双方应明确约定是否可以在不同签约系统上合并使用电子章，以及电子签章的具体要求和标准。

2. 选择可靠的电子签章服务提供商：

   • 双方应选择具有合法资质和良好信誉的电子签章服务提供商，确保电子签章的真实性、合法性和有效性。

3. 进行兼容性测试：

   • 在合并使用电子章前，双方应进行兼容性测试，确保电子签章能够在双方系统上正常显示和验证。

4. 保留相关证据：

   • 双方应保留电子签章的生成、传输、存储和验证等相关证据，以备后续可能出现的纠纷时使用。

若在实际操作中遇到任何问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。