建设工程主合同无效后，补充协议是否有效需分情况讨论，具体如下：
若补充协议内容独立于主合同且合法有效
- 核心逻辑：补充协议若仅对主合同中未明确或需细化的非实质性条款（如材料采购细节、施工安全规范等）进行补充，且不违反法律强制性规定，其效力不受主合同无效影响。
- 法律依据：根据《民法典》第一百五十六条，民事法律行为部分无效，不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效。若补充协议内容可独立存在，则其效力不受主合同无效波及。
- 示例：主合同因未取得施工许可证被认定无效，但补充协议仅约定了施工期间的安全责任划分，该补充协议仍有效。
若补充协议实质性变更主合同核心条款
- 核心逻辑：若补充协议变更了主合同中涉及工程价款、工期、质量标准等实质性内容，且主合同无效系因违反招投标程序、无资质施工等强制性规定，则补充协议通常无效。
- 法律依据：根据《招标投标法》第四十六条，招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。若主合同因违反该规定无效，补充协议亦无效。
- 示例：主合同因未招标被认定无效，补充协议约定提高工程价款10%，该补充协议因背离招投标程序而无效。
若补充协议存在恶意串通或损害第三方利益
- 核心逻辑：即使主合同无效，若补充协议系双方恶意串通（如虚构工程量套取资金）或损害国家、集体、第三人利益，则补充协议自始无效。
- 法律依据：根据《民法典》第一百五十四条，行为人与相对人恶意串通，损害他人合法权益的民事法律行为无效。
- 示例：发包方与承包方串通，通过补充协议将本应由承包方承担的工程质量问题转嫁给第三方，该补充协议无效。
若补充协议需备案或审批但未履行程序
- 核心逻辑：部分地区要求建设工程合同及其补充协议需备案或审批，若未履行该程序，补充协议可能面临效力瑕疵（如未生效或可撤销）。
- 法律依据：根据《民法典》第五百零二条，依照法律、行政法规的规定，合同应当办理批准等手续的，依照其规定。未办理批准等手续影响合同生效的，不影响合同中履行报批等义务条款以及相关条款的效力。
- 示例：某地规定建设工程合同补充协议需在住建部门备案，若未备案，补充协议可能被认定为未生效。
法律建议：
- 审查主合同无效原因：若主合同因程序性瑕疵（如未招标）无效，补充协议若涉及实质性变更，通常无效；若主合同因可撤销事由（如欺诈）无效，补充协议效力需结合撤销权行使情况判断。
- 明确补充协议内容：避免在补充协议中变更主合同实质性条款，可仅对非实质性内容（如付款方式、违约责任）进行补充。
- 履行备案或审批程序：若当地要求补充协议备案或审批，务必按流程办理，避免效力风险。
- 保留证据：签订补充协议时，留存双方协商记录、资质证明等材料，以备纠纷时证明协议合法性。
总结：建设工程主合同无效后，补充协议的效力需结合其内容、主合同无效原因、是否履行法定程序等因素综合判断。若您涉及具体案件，可进一步向我提供主合同无效原因、补充协议内容等细节，我将为您详细分析效力风险及应对策略。