针对供应商质疑未在规定期限内回复的问题，解决方式需根据具体情况分析，以下提供几种常见情况及对应的解决建议：

1. 若合同中明确规定了回复期限及违约责任：

   • 法律背景：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方应当遵循诚实信用原则，按照约定全面履行自己的义务。若合同中明确规定了回复期限，且供应商在期限内未收到回复，供应商有权依据合同条款主张权利。
   • 解决建议：首先，应立即核查合同条款，确认回复期限及违约责任的具体约定。若确实存在逾期回复的情况，应尽快与供应商沟通，解释逾期原因，并协商解决方案，如延长履行期限、承担违约责任等。若双方无法达成一致，供应商可能依据合同条款提起诉讼或仲裁，此时应积极应诉，准备相关证据材料，以维护自身权益。

2. 若合同中未明确规定回复期限，但存在行业惯例或交易习惯：

   • 法律背景：在合同未明确约定的情况下，可以参照行业惯例或交易习惯来确定回复期限。若供应商能够证明存在这样的惯例或习惯，且你方确实未在合理期限内回复，供应商同样有权主张权利。
   • 解决建议：在这种情况下，应首先了解并确认行业惯例或交易习惯的具体内容。若确实存在逾期回复的情况，应尽快与供应商沟通，说明情况并协商解决方案。同时，可以强调合同未明确约定回复期限，以及自身在交易中的合理期待和利益，以争取更公平的解决方案。

3. 若供应商的质疑缺乏合同或法律依据：

   • 法律背景：若供应商的质疑无法找到合同或法律依据，其主张可能无法得到法律支持。
   • 解决建议：在这种情况下，应坚决维护自身权益，拒绝供应商的无理要求。同时，可以与供应商进行友好沟通，解释合同条款和法律规定，以消除误解和分歧。若供应商坚持无理取闹，可以考虑通过法律途径解决争议，如提起诉讼或申请仲裁。

在处理此类问题时，还需注意以下几点：

• 及时沟通：无论何种情况，都应尽快与供应商进行沟通，说明情况并协商解决方案。及时沟通有助于消除误解和分歧，避免争议升级。
• 保留证据：在沟通过程中，应保留好相关证据材料，如合同文本、往来邮件、聊天记录等。这些证据材料在后续解决争议时将发挥重要作用。
• 寻求专业帮助：若争议复杂或难以解决，可以寻求专业律师的帮助。律师能够提供专业的法律意见和解决方案，帮助你更好地维护自身权益。

最后，建议你在未来的合同签订和履行过程中，更加注重合同条款的明确性和完整性，以避免类似争议的发生。若你在处理此类问题时遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。