休年假被扣绩效工资通常是不合法的。以下是从不同角度进行的详细分析：
一、法律依据明确休年假期间的工资权益
《职工带薪年休假条例》第二条明确规定，职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假。在年休假期间，职工应享受与正常工作期间相同的工资收入。这里的“工资收入”是一个广义的概念，它涵盖了基本工资、奖金、津贴以及绩效工资等各种形式的报酬。因此，绩效工资作为工资的一部分，在员工休年假时也应正常发放，不得随意扣减。
《中华人民共和国劳动合同法》第三十条也强调，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这意味着，在员工依法享受年休假的情况下，公司无权以任何理由扣除其绩效工资。如果用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。
二、绩效工资的性质不影响其发放
与工作成果挂钩的绩效：尽管绩效工资通常与工作成果相关，但年休假是员工依法享有的休息权利，并非因员工个人原因未产生工作成果。因此，不能以此为由扣除年休假期间的绩效工资。
与出勤相关的绩效：年休假是法律赋予的合法假期，不属于缺勤或旷工。所以，即便部分绩效工资与出勤情况有关，也不能因此扣除员工休年假期间的绩效工资。
三、特殊情况下的合法性判断
尽管一般情况下休年假不应扣绩效工资，但也存在一些特殊情况需要具体分析：
绩效考核周期与年假重合：如果单位的绩效考核周期恰好涵盖了员工休年假的时间段，且绩效确实与员工在该时间段的实际工作表现直接相关，那么单位可能会根据客观、公正的考核标准对绩效工资进行合理调整。但这种调整必须基于公平、透明的原则，并且需要有明确的考核依据。
员工未完成工作任务或交接：如果员工在休年假前未按照规定完成工作任务或交接，导致工作出现延误或其他问题，影响了单位的正常运作，那么单位可以根据相关规章制度和实际情况对员工的绩效进行评估和调整。但这种调整必须是基于具体的事实和规定，并且需要有明确的证据支持。同时，这种调整也不应违反《职工带薪年休假条例》和《中华人民共和国劳动合同法》的基本原则。
四、维权途径与建议
如果用人单位无故扣除休年假员工的绩效工资，员工可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
收集证据：员工应收集好所有相关的证据，如劳动合同、绩效考核办法、年假申请记录、工资单等，以便后续维权使用。
与公司沟通：员工可以尝试与公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通，提出异议并要求纠正。在沟通过程中，员工应明确表达自己的诉求和依据，并尽量保持冷静和理性。
劳动仲裁或诉讼：如果公司不改正其行为，员工可以向当地的劳动监察部门投诉或向劳动仲裁机构提起仲裁，要求用人单位支付被克扣的绩效工资及相应的经济补偿。在必要时，员工还可以向法院提起诉讼来维护自己的合法权益。
综上所述，休年假期间用人单位不得扣除员工的绩效工资，这是员工的法定权利。如果用人单位违反规定，员工应了解自己的权益，并在必要时采取适当措施维护自己的合法权益。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。