结论概述：分包单位来函但事实内容不符，不回复可能会产生一定的法律影响，但具体影响取决于多种因素。以下从不同角度为您详细分析。
一、不回复可能产生的法律影响
视为默认或认可：
- 在某些情况下，如果总包单位对分包单位的来函不回复，可能会被视为对来函内容的默认或认可。这尤其适用于那些对事实确认或责任承担有明确要求的来函。例如，如果分包单位在来函中声称总包单位拖欠工程款，并提供了相关证据，而总包单位未在合理期限内回复或提出异议，那么分包单位可能会据此主张总包单位默认了欠款事实。
影响争议解决：
- 在工程款纠纷等争议解决过程中，双方之间的往来函件是重要的证据材料。如果总包单位对分包单位的来函不回复，可能会导致在争议解决时缺乏有力的反驳证据，从而影响争议解决的结果。
损害商业信誉：
- 不回复来函可能会给分包单位留下不负责任、不诚信的印象，进而损害总包单位的商业信誉。这在建筑行业中尤为重要，因为商业信誉是合作伙伴选择的重要考量因素之一。
二、建议的应对措施
及时回复并澄清事实：
- 收到分包单位的来函后，总包单位应及时回复，并明确澄清来函中与事实不符的内容。这有助于避免误解和纠纷的进一步升级，同时维护双方的合作关系。
保留相关证据：
- 在回复来函的同时，总包单位应保留好与来函内容相关的证据材料，如合同、付款记录、工作联系单等。这些证据材料在后续争议解决过程中将发挥重要作用。
寻求法律帮助：
- 如果分包单位的来函涉及复杂的法律问题或争议，总包单位可以寻求专业律师的帮助。律师可以提供专业的法律意见和建议，帮助总包单位更好地应对来函内容不符的问题。
三、特殊情况下的考虑
如果来函内容完全虚构或恶意诽谤：
- 在这种情况下，总包单位不仅应及时回复并澄清事实，还可以考虑采取法律手段维护自己的合法权益。例如，可以向法院提起诉讼，要求分包单位承担侵权责任或赔偿损失。
如果双方之间存在其他争议或纠纷：
- 如果分包单位的来函是在双方已经存在其他争议或纠纷的背景下发出的，那么总包单位在回复时应更加谨慎。可以考虑在回复中明确表达自己的立场和态度，同时提出解决争议或纠纷的建议或方案。
总结与建议：分包单位来函但事实内容不符时，不回复可能会产生一定的法律影响。为了避免这些影响并维护双方的合作关系，总包单位应及时回复并澄清事实、保留相关证据，并在必要时寻求法律帮助。如果您在处理此类问题时遇到任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。