殴打他人调解后，作案工具的处理需根据工具性质、案件情节及调解协议内容综合判断，具体处理方式如下：

1. 若工具被认定为违法犯罪工具（如管制刀具、凶器等）
   根据《中华人民共和国治安管理处罚法》第十一条规定，对与案件有关的需要作为证据的物品，可以扣押；对被侵害人或者善意第三人合法占有的财产，不得扣押，应当予以登记。对与案件无关的物品，不得扣押。

   • 调解后处理：即使双方达成调解，若工具属于违法犯罪工具（如用于故意伤害的凶器），公安机关仍可能依法没收并销毁，或根据案件性质移交相关部门处理（如管制刀具需上交公安机关）。
     
   • 例外情形：若工具属于被侵害人合法财产（如被侵害人随身携带的合法物品被用于反击），且未被认定为违法犯罪工具，则应返还被侵害人。
     

2. 若工具属于普通物品（如日常用品临时被用作攻击工具）

   • 调解协议约定：双方可在调解协议中明确工具的归属（如返还侵害人、赔偿后归被侵害人等）。若协议合法有效，公安机关或调解机构会督促履行。
     
   • 无约定时的处理：若未约定且工具不属于违法犯罪工具，公安机关通常不会主动没收，但可能要求侵害人赔偿被侵害人因工具损坏或丢失产生的损失（如手机被摔坏需赔偿维修费）。
     

3. 若工具涉及其他违法行为（如盗窃所得、伪造证件等）
   即使调解仅针对殴打行为，若工具本身涉及其他违法犯罪（如用盗窃的物品殴打他人），公安机关仍需对工具的违法性质单独处理（如追缴赃物、没收伪造证件等），不受调解协议影响。

建议：

• 调解时明确工具归属及处理方式，并写入调解协议；
  
• 若对工具性质或处理方式有疑问，可要求公安机关出具书面处理意见；
  
• 涉及复杂情形（如工具价值较高、涉及多重违法），建议直接向我咨询具体法律程序。