关于承包地中含自留地是否有耕地保护费的问题，结论是：自留地通常不单独收取耕地保护费，但具体是否收费及收费标准需结合当地政策、土地性质及承包合同来确定。以下从几个角度详细分析：

1. 自留地的性质与用途
   自留地是农村集体经济组织按政策分配给农户长期使用的土地，主要用于种植蔬菜、瓜果等副业，以满足家庭生活需要。其性质属于集体所有，农户仅有使用权，且通常不计入承包地面积（除非合同明确约定）。根据《土地管理法》及农村土地政策，自留地与承包地、宅基地同属农村土地范畴，但用途和管理方式存在差异。

2. 耕地保护费的征收依据
   耕地保护费（或耕地开垦费）是针对非农业建设占用耕地或破坏耕地行为征收的费用，目的是补偿耕地资源损失、促进耕地保护。其征收对象通常是占用耕地的建设单位或个人（如开发商、企业），而非普通农户。若自留地未被用于非农建设或未被征收、征用，一般不涉及此类费用。

3. 承包地与自留地的关系

   • 若自留地包含在承包合同中：需查看合同条款是否明确约定耕地保护费的承担方。若合同未约定，则根据《民法典》合同编，费用应由合同双方协商确定；若协商不成，可能需通过诉讼或仲裁解决。
     
   • 若自留地独立于承包地：自留地通常由农户无偿使用，无需额外缴费。但若当地政策对自留地有特殊管理要求（如要求缴纳土地管理费、资源保护费等），则需以政策为准。

4. 地方政策的影响
   部分地区可能出台地方性法规或政策，对农村土地使用、保护费用作出具体规定。例如，某些地区可能对耕地保护实行“谁使用、谁保护”原则，要求农户承担部分保护责任（如缴纳少量管理费），但此类费用通常较低且与耕地保护费性质不同。建议向当地农业农村局、自然资源局或村委会咨询具体政策。

5. 特殊情况处理

   • 自留地被征收或征用：若自留地因公共利益被征收，农户可获得补偿（包括土地补偿费、安置补助费等），但无需缴纳耕地保护费。
     
   • 自留地用于非农建设：若农户擅自改变自留地用途（如建房、挖塘等），可能面临行政处罚（如罚款、责令恢复原状），但此情形与耕地保护费无直接关联。

建议：

1. 核查承包合同或自留地分配文件，明确土地性质及使用范围；
   
2. 向当地村委会或乡镇政府了解土地管理政策及费用标准；
   
3. 若涉及费用争议，可收集证据（如合同、政策文件、缴费通知等）并咨询律师，通过法律途径维护权益。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案情为您提供详细解答。