核心结论：案底未结案且被害人不予追究的情况下，案件不会自动终止，仍需根据案件性质和司法程序处理。具体处理方式需分情况讨论：

1. 刑事案件：司法机关仍可追诉
   根据《刑事诉讼法》规定，刑事案件的追诉权属于国家公权力，即使被害人明确表示不予追究（如出具谅解书或撤诉申请），司法机关仍可独立启动或继续侦查、审查起诉、审判程序。例如：
   
   • 公诉案件（如故意伤害、盗窃等）：被害人无权决定案件是否终止，公安机关、检察院可依法继续追诉；
     
   • 自诉案件（如侮辱、诽谤等）：若被害人向法院提起自诉后反悔，可撤诉，但若证据充分，法院也可依职权继续审理。
     

关键点：被害人态度仅影响量刑（如从轻处罚），不影响案件定性及程序推进。

1. 民事赔偿部分：可协商或诉讼解决
   若案件涉及民事赔偿（如交通事故、人身损害等），被害人不予追究可能表现为放弃索赔或达成和解。此时：
   
   • 双方自愿和解：可签订书面和解协议，明确赔偿金额、方式及免责条款，避免后续纠纷；
     
   • 未达成和解：加害方仍可能被起诉要求赔偿，法院将根据证据判决责任。
     

建议：即使被害人表示不追究，也应保留相关证据（如沟通记录、和解协议），以防反悔。

1. 行政案件：需接受行政处罚
   若案件涉及违反治安管理（如赌博、嫖娼等），即使被害人不予追究，公安机关仍可依据《治安管理处罚法》对违法行为人进行行政处罚（如罚款、拘留）。
   

例外：若案件已过追诉时效（如6个月内未被发现），则不再处罚。

行动建议：

• 主动配合司法程序：若案件未结案，应及时向办案机关（如公安局、检察院）说明情况，提交被害人出具的书面材料（如谅解书、撤诉申请）；
  
• 咨询专业律师：根据案件性质（刑事/民事/行政），制定辩护或和解策略，避免因程序疏忽导致不利后果；
  
• 保留证据：所有沟通记录、和解协议需留存原件，必要时可申请公证或司法鉴定。
  

如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我会结合案情提供针对性方案。