结论：劳动法上“12小时休12小时”的工作制度是否违法，需根据具体情况判断。在一般情况下，这种工作制度违反了劳动法的相关规定；但在特定情况下，如经过合法审批的特殊工时制度，并确保劳动者权益不受侵害，则可能不构成违法。

一、一般情况下的违法性分析

1. 违反每日工作时间规定

   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。
   • 具体分析：“12小时休12小时”的工作制度明显超过了法定的八小时工作时间，因此违反了这一规定。

2. 违反加班时间规定

   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第四十一条，用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。
   • 具体分析：在此工作制度下，劳动者每日加班时间远超三小时的限制，且按月计算，加班时间也极有可能超出法定限制。

3. 未充分保证每周至少休息一日

   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第三十八条，用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。
   • 具体分析：虽然“12小时休12小时”看似有休息日，但由于每日工作时间过长，劳动者可能无法得到充分的休息和恢复，从而间接违反了每周至少休息一日的规定。

二、特殊情况下的合法性探讨

1. 特殊工时制度审批

   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第三十九条，企业因生产特点不能实行标准工时制度的，经劳动行政部门批准，可以实行其他工作和休息办法，如综合计算工时工作制或不定时工作制。
   • 具体分析：在特定行业或岗位，如交通运输、铁路、邮电等，由于工作性质的特殊性，可能会采用不定时工作制或综合计算工时工作制。但这种特殊工时制度必须经过劳动行政部门的批准才能实施，且需确保劳动者在一定周期内的平均工作时间不超过法定标准工作时间，并保证劳动者每周至少休息一日。

2. 平均工作时间合规

   • 具体分析：在特殊工时制度下，即使实行“12小时休12小时”的工作制度，也需确保劳动者在一个计算周期内（如一周、一月）的平均工作时间不超过法定上限。例如，若此模式循环执行，劳动者在一周内的平均工作时间应不超过44小时，方为合法。

3. 休息休假保障

   • 具体分析：用人单位还需保证劳动者享受国家规定的带薪年休假等休息休假权利。若“12小时休12小时”的安排导致劳动者连续工作时间过长，无法保障这些权益，则违反法律规定。

三、劳动者权益保护建议

• 了解自身权益：劳动者应了解自己的合法权益，包括每日工作时间、加班时间、休息休假等规定。
• 拒绝非法加班：如果用人单位违反规定强制劳动者加班，劳动者有权拒绝，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自身合法权益。
• 保留证据：在面对非法工作制度时，劳动者应保留相关证据，如工作记录、加班通知等，以便在维权时提供有力支持。

四、用人单位合规建议

• 遵守法律规定：用人单位应严格遵守劳动法的规定，合理安排员工的工作和休息时间，确保企业的合法运营和员工的身心健康。
• 申请特殊工时制度：在特殊情况下需要实行非标准工时制度时，务必先获得劳动行政部门的批准，并确保符合相关法律规定。
• 保障劳动者权益：用人单位应确保劳动者在一定周期内的平均工作时间不超过法定标准工作时间，并保证劳动者每周至少休息一日以及享受带薪年休假等休息休假权利。

总结：“12小时休12小时”的工作制度在一般情况下是违反劳动法的。但在特定情况下，如经过合法审批的特殊工时制度，并确保劳动者权益不受侵害，则可能不构成违法。劳动者和用人单位都应了解并遵守相关法律规定，以维护双方的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。