公司按照绩效考核末位进行扣工资是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
合法情形
制度依据与民主程序：
- 公司应制定明确的绩效考核制度和薪酬管理制度，这些制度需经过民主程序（如职工代表大会或全体职工讨论）制定，并向劳动者公示或告知。若制度中明确规定了绩效考核末位扣工资的条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，则公司有权根据绩效考核结果扣减工资。
- 举例：某公司制定了详细的绩效考核制度，明确规定了考核标准、考核周期以及考核结果的应用，包括末位扣工资的具体比例和条件。该制度经过职工代表大会讨论通过，并向全体员工公示。在此情况下，公司按照制度对绩效考核末位的员工扣工资是合法的。
劳动合同约定：
- 用人单位与劳动者签订的劳动合同中应明确约定绩效工资的发放条件和扣减规则。若劳动合同中有“因劳动者未能达到绩效考核标准，用人单位可以扣减绩效工资”的类似条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，则公司有权根据绩效考核结果扣减工资。
- 举例：某员工与公司签订的劳动合同中明确约定，若员工在绩效考核中排名末位，公司有权扣减其一定比例的绩效工资。在此情况下，公司按照合同约定扣工资是合法的。
合理性与公正性：
- 绩效考核过程应公开透明，确保考核结果的客观性和公正性。扣减工资的比例和幅度应合理，避免过度扣减导致劳动者收入过低。同时，扣减后的工资不得低于当地最低工资标准。
- 举例：某公司在进行绩效考核时，采用了客观、公正的考核标准，并确保了考核过程的公开透明。对于绩效考核末位的员工，公司按照事先约定的比例扣减了绩效工资，且扣减后的工资仍高于当地最低工资标准。在此情况下，公司的行为是合法的。
不合法情形
无制度或合同依据：
- 若公司未制定绩效考核制度或未在劳动合同中约定绩效工资的扣减规则，则公司无权擅自扣减劳动者的工资。
- 举例：某公司未制定任何绩效考核制度，也未在劳动合同中与员工约定绩效工资的扣减规则。然而，公司却以绩效考核末位为由扣减了员工的工资。在此情况下，公司的行为是违法的。
考核过程不公正：
- 若绩效考核过程存在主观臆断、暗箱操作等行为，导致考核结果不公正，则公司基于该结果扣减工资的行为可能被视为违法。
- 举例：某公司在进行绩效考核时，存在主观臆断和暗箱操作的情况，导致某些员工的考核结果不公正。公司基于这些不公正的考核结果扣减了员工的工资。在此情况下，公司的行为是违法的。
违反法律底线：
- 若扣减后的工资低于当地最低工资标准，或扣减行为违反了其他法律法规的强制性规定，则公司的行为构成违法。
- 举例：某公司以绩效考核末位为由扣减了员工的工资，导致员工的实际工资低于当地最低工资标准。在此情况下，公司的行为是违法的。
法律建议
- 对于公司：应制定合法、明确、合理的绩效考核制度和薪酬管理制度，并确保这些制度经过民主程序制定并向劳动者公示或告知。同时，在劳动合同中明确约定绩效工资的发放条件和扣减规则，确保考核过程的公开透明和考核结果的客观公正。
- 对于劳动者：若认为公司绩效考核扣工资的行为不合法，首先应尝试与公司进行协商沟通；协商不成时，可向当地劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁以维护自己的合法权益。
总之，公司按照绩效考核末位进行扣工资是否合法，需根据具体情况来判断。若您在此方面遇到法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。