虚开增值税税率3%和税率13%在刑法上的处理并不完全相同，但两者都可能构成虚开增值税专用发票罪，具体量刑会根据虚开的税款数额、情节严重程度等因素来判定。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律定性
无论是虚开增值税税率3%还是税率13%的发票，只要行为符合虚开增值税专用发票罪的构成要件，即“虚开增值税专用发票或者虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票”，就可能构成该罪。这里的“虚开”包括为他人虚开、为自己虚开、让他人为自己虚开、介绍他人虚开等行为。
二、量刑差异
虽然两者在法律定性上相同，但在量刑上可能会因虚开的税款数额、情节严重程度等因素而有所不同。根据《中华人民共和国刑法》第二百零五条的规定，虚开增值税专用发票罪的量刑分为三个档次：
基本刑：虚开增值税专用发票或者虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处二万元以上二十万元以下罚金。
数额较大或者有其他严重情节：虚开的税款数额较大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金。这里的“数额较大”和“其他严重情节”通常指的是虚开的税款数额达到一定标准，或者具有多次虚开、造成严重后果等情节。
数额巨大或者有其他特别严重情节：虚开的税款数额巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金或者没收财产。这里的“数额巨大”和“其他特别严重情节”通常指的是虚开的税款数额特别巨大，或者具有极其严重的后果等情节。
三、税率差异对量刑的影响
税率的不同主要影响的是虚开的税款数额的计算。在虚开增值税专用发票罪中，虚开的税款数额是量刑的重要依据之一。因此，税率的高低会直接影响到虚开的税款数额，进而可能影响到量刑的轻重。但是，税率本身并不是量刑的直接依据，而是通过影响虚开的税款数额来间接影响量刑。
四、实际案例与司法实践
在实际案例中，法院会根据虚开的税款数额、情节严重程度、被告人的认罪态度、悔罪表现等因素来综合判定量刑。因此，即使两个案件都涉及虚开增值税专用发票罪，但由于具体情况的不同，量刑也可能会有所不同。
五、建议与风险提示
遵守法律法规：企业和个人应严格遵守国家税收法律法规，不得虚开增值税专用发票或其他发票。
加强内部管理：企业应建立健全内部财务管理制度，加强对发票的管理和审核，防止内部人员虚开发票。
及时咨询专业律师：如果涉及虚开增值税专用发票罪等刑事案件，应及时咨询专业律师，了解相关法律规定和司法实践，以便更好地维护自己的合法权益。
总结来说，虚开增值税税率3%和税率13%在刑法上的处理并不完全相同，但两者都可能构成虚开增值税专用发票罪。量刑的轻重会根据虚开的税款数额、情节严重程度等因素来判定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。