结论：提前一分钟打卡扣100元是否合理，需结合具体情况判断，但一般情况下，这种扣款方式可能缺乏合理性，甚至可能违反相关法律法规。以下从多个角度进行分析：
一、从公司规章制度的角度
规章制度合法性：
- 公司有权制定规章制度来管理员工，但这些制度必须合法、合理，且不得违反国家法律法规的强制性规定。
- 如果公司规章制度中明确规定了提前打卡的扣款标准，且该标准不违反法律法规，那么公司按照制度执行扣款可能是合法的。但扣款100元对于仅提前一分钟打卡的行为来说，可能显得过于严苛，缺乏合理性。
规章制度制定程序：
- 规章制度的制定必须经过民主程序，即应当与工会或者职工代表平等协商确定，并公示或者告知劳动者。
- 如果公司未按照法定程序制定规章制度，或者规章制度未公示、未告知劳动者，那么该规章制度对劳动者不具有约束力，公司不能依据该制度进行扣款。
二、从法律法规的角度
工资支付规定：
- 根据《工资支付暂行规定》等相关法律法规，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 扣款应当有合法依据，且扣款金额应当合理。对于仅提前一分钟打卡的行为，扣款100元可能被视为无故克扣工资，违反了法律法规的规定。
劳动纪律与奖惩：
- 用人单位可以制定劳动纪律和奖惩制度，但应当遵循公平、公正、合理的原则。
- 对于轻微的违纪行为，如提前一分钟打卡，应当采取警告、批评教育等较轻的处罚措施，而不是直接扣款。扣款应当与违纪行为的严重程度相适应。
三、从实际操作的角度
扣款依据的明确性：
- 公司应当明确告知员工扣款的依据和标准，以便员工了解自己的行为可能带来的后果。
- 如果公司未明确告知员工扣款依据和标准，或者扣款依据和标准模糊不清，那么员工有权对扣款提出异议。
扣款程序的合法性：
- 公司在进行扣款时，应当遵循合法的程序，如与员工进行沟通、听取员工的陈述和申辩等。
- 如果公司未按照合法程序进行扣款，或者扣款过程中存在违法行为，如威胁、恐吓等，那么员工有权向相关部门投诉或寻求法律援助。
建议
与公司沟通：
- 如果你认为公司的扣款行为不合理或违法，可以首先与公司进行沟通，了解扣款的依据和标准，并表达自己的异议和诉求。
寻求法律援助：
- 如果与公司沟通无果，或者公司拒绝改正其违法行为，你可以向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
- 作为专业律师，我可以为你提供进一步的法律咨询和帮助，包括起草投诉信、参与调解或诉讼等。
保留证据：
- 在处理此类纠纷时，保留相关证据至关重要。你可以保存打卡记录、公司规章制度、扣款通知等证据，以便在需要时提供证明。