如果案件一直查不清，其处理方式和结果会受到多种因素的影响，包括案件的性质、所处的诉讼阶段以及相关法律法规的规定。以下是对这一问题的详细解答：
一、侦查阶段
在侦查阶段，如果发现犯罪事实不清或证据不足，办案单位通常会进行补充侦查，以进一步收集证据和查清事实。然而，如果经过补充侦查后，案件仍然事实不清、证据不足，且无法在法定时间内查清或收集充分证据，那么根据相关法律规定和司法实践，这种案件不宜直接撤案，因为撤案需要满足特定的条件，如没有任何违法犯罪事实、情节显著轻微不认为是犯罪等，而事实不清、证据不足的案件并不符合这些条件。
在这种情况下，更合适的做法是将案件以符合存疑不起诉的条件移送检察院公诉部门审查不起诉。检察院在审查后，如果认为证据确实不足，不符合起诉条件，可以作出不起诉的决定。不过，目前相关法律法规对于存疑不起诉的移送审查程序可能尚未完善，因此建议相关机关在立法或司法解释中进一步明确。
二、审查起诉阶段
在检察院审查起诉阶段，如果认为犯罪事实不清、证据不足，需要补充侦查的，检察院会要求办案单位进行补充侦查。如果经过补充侦查后，检察院仍然认为证据不足、不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定。这是检察院对案件进行审查后，根据证据情况作出的法律判断。
三、法院审判阶段
在法院审判期间，如果证据不足，不能认定被告人有罪的，法院应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。这是法院根据审判原则，对案件进行独立、公正的审判后作出的法律结论。
四、长期未结案件的处理
对于长期未结的案件，特别是那些因事实证据问题而无法及时审结的案件，司法机关会高度重视并采取措施进行清理。这既是为了保障当事人的合法权益，也是为了维护司法公正和效率。司法机关会综合运用各种手段，包括加强侦查工作、补充证据、协调各方意见等，以尽快查清事实、审结案件。
五、特殊情况与建议
法律适用争议：在部分案件中，即使事实基本查清，也可能因法律适用问题而无法及时审结。这时，司法机关会加强法律研究、咨询专家意见或参考类似案例，以准确适用法律。
司法人员能力素质：案件长期未结也可能与司法人员的能力素质有关。因此，加强司法人员的培训和教育、提高其专业素养和审判能力也是解决长期未结案件的重要途径。
完善法律法规：针对事实不清、证据不足案件的处理程序，建议相关机关在立法或司法解释中进一步明确和完善相关规定，以便司法实践中有更明确的指导和依据。
总结来说，如果案件一直查不清，其处理方式和结果会因案件所处的诉讼阶段和相关法律法规的规定而有所不同。在侦查阶段，案件可能以存疑不起诉的条件移送检察院审查；在审查起诉阶段，检察院可以作出不起诉的决定；在法院审判阶段，法院会作出无罪判决。同时，司法机关也会采取措施清理长期未结的案件，以保障司法公正和效率。