结论：建筑公司对施工项目管理运营收取费用并出具发票的行为，在符合税法及合同约定的情况下是合法的。以下从不同角度展开分析：

1. 合同约定角度

• 若建筑公司与业主（或发包方）在施工合同中明确约定了项目管理运营费用的收取标准、方式及发票开具义务，则建筑公司按约定收费并开具发票属于履行合同义务，合法有效。
• 关键点：合同需明确费用性质（如管理费、运营服务费等）、计算方式及发票类型（如增值税专用发票或普通发票），避免因条款模糊引发纠纷。

2. 税法合规角度

• 增值税层面：建筑公司提供项目管理运营服务属于“现代服务”中的“工程管理服务”，若公司具备一般纳税人资格，可按6%税率开具增值税专用发票；小规模纳税人则按3%征收率开具普通发票。
• 企业所得税层面：收取的费用需计入公司收入，依法申报纳税；同时，与项目管理相关的成本（如人员工资、办公费用等）可凭合法凭证税前扣除。
• 合规风险：若建筑公司未实际提供服务而虚开发票，或未按规定申报纳税，可能涉嫌偷逃税款，面临税务处罚甚至刑事责任。

3. 行业惯例与合法性边界

• 合法情形：建筑公司通过自身管理团队对项目进行统筹协调（如进度控制、质量监督、安全管理等），收取合理费用并开具发票，符合行业惯例。
• 违法情形：若建筑公司以“管理费”名义变相转包工程（即仅收取费用但不履行管理职责），或通过虚构服务内容套取资金，则可能违反《建筑法》《招标投标法》中关于禁止转包、违法分包的规定，甚至构成诈骗或虚开发票罪。

4. 实务建议

• 对建筑公司：
  1. 在合同中明确服务内容、费用标准及发票类型；
  2. 保留服务过程证据（如管理记录、会议纪要等），证明费用合理性；
  3. 依法纳税申报，避免税务风险。
• 对业主方：
  1. 审核合同条款，确保费用与实际服务匹配；
  2. 要求建筑公司提供合法发票，作为税前扣除凭证；
  3. 监督建筑公司履行管理职责，防止变相转包。

总结：只要建筑公司实际提供了项目管理运营服务，且收费标准、发票开具符合合同约定及税法规定，该行为即合法。若存在虚构服务、转包工程等情形，则可能面临法律风险。如有具体案例或合同条款需要分析，可进一步向我咨询。