在法院诉讼中遇上真公章但借条内容虚假的情况，核心结论是：可通过申请司法鉴定、举证反驳对方主张、利用表见代理规则抗辩（如适用）等方式维护自身权益。以下是具体分析：

1. 申请司法鉴定，证明借条内容虚假

• 公章真实性确认：若对方主张借条上的公章是真实的，可要求法院委托专业机构对公章进行鉴定（如比对备案公章、印文形成时间等），确认公章是否为真实使用。
• 借条内容鉴定：若公章真实但借条内容（如金额、期限、签名等）被篡改或伪造，可申请对借条的书写时间、笔迹、纸张等要素进行鉴定，证明内容与公章加盖时间不符或存在伪造痕迹。
• 法律依据：根据《民事诉讼法》第81条，当事人可就查明事实的专门性问题向法院申请鉴定，法院认为需要鉴定的，应当委托具备资格的鉴定人进行鉴定。

2. 举证反驳对方主张，证明借条无效

• 证明借款未实际发生：若借条虽盖有真公章，但借款未实际交付（如无转账记录、现金交付无证人等），可提供反证证明借款合同未成立或未履行。
• 证明借条系伪造或变造：若借条内容被篡改（如金额被涂改、签名被仿冒），可通过证人证言、聊天记录、录音录像等证据证明借条系伪造或变造。
• 证明公章被滥用：若公章系被他人盗用或私自加盖（如公司员工私盖公章），可提供内部管理记录、报警记录等证据证明公章使用未经授权。

3. 利用表见代理规则抗辩（如适用）

• 表见代理的构成要件：若借条系公司员工或代理人出具，且相对方有理由相信其有代理权（如持有公章、长期代表公司签约等），可能构成表见代理，公司仍需承担责任。但若相对方明知或应知代理人无权，可主张不构成表见代理。
• 抗辩策略：若公司能证明相对方未尽合理审查义务（如未核实代理人权限、未要求出示授权文件等），可主张相对方非善意，从而免除公司责任。

4. 追究对方伪造证据的法律责任

• 民事责任：若对方伪造借条，可依据《民法典》第154条主张借条无效，并要求对方赔偿因伪造证据导致的损失（如诉讼费、律师费等）。
• 刑事责任：若对方伪造公司印章或借条，可能涉嫌《刑法》第280条“伪造公司、企业、事业单位、人民团体印章罪”或第266条“诈骗罪”，可向公安机关报案追究其刑事责任。

5. 诉讼策略建议

• 及时固定证据：发现借条虚假后，立即收集相关证据（如公章管理记录、借款未交付的证据、对方伪造证据的线索等），防止证据灭失。
• 申请证据保全：若担心对方销毁证据，可向法院申请证据保全，固定借条原件或其他关键证据。
• 主动调查取证：利用律师调查令或申请法院调取对方银行流水、通讯记录等，证明借款未实际发生或借条系伪造。

总结：遇上真公章假借条时，需通过司法鉴定、举证反驳、抗辩表见代理等方式证明借条无效，同时可追究对方伪造证据的法律责任。具体策略需结合案件细节制定，建议根据实际情况进一步分析。如有疑问，可直接向我咨询。