结论概述：行贿人配合调查二年后是否还会有问题，这并非一个绝对的是非问题，而是取决于多种因素，包括配合调查的具体情况、行贿行为的性质、是否涉及其他犯罪以及司法机关的调查进展等。以下我将从多个角度进行详细分析。
一、配合调查的具体情况
配合程度：行贿人如果积极配合调查，如实供述自己的行贿行为，提供关键证据，有助于司法机关查明案件事实，这通常会被视为从轻或减轻处罚的情节。然而，如果行贿人只是表面配合，实际上隐瞒关键信息或提供虚假证言，那么其可能面临更严重的法律后果。
调查阶段：配合调查可能发生在侦查、审查起诉或审判等不同阶段。在侦查阶段，行贿人的配合可能有助于案件的快速侦破；在审查起诉阶段，其配合可能影响检察机关的起诉决定；在审判阶段，其配合则可能影响法院的判决结果。但无论在哪个阶段，配合调查本身并不直接决定行贿人最终是否会有问题。
二、行贿行为的性质
行贿金额：行贿金额的大小是衡量行贿行为严重程度的重要指标。一般来说，行贿金额越大，行贿人的法律责任越重。因此，即使行贿人配合调查二年，如果其行贿金额巨大，仍可能面临严重的刑事处罚。
行贿目的：行贿的目的也是影响法律责任的重要因素。如果行贿是为了谋取不正当利益，如获取项目、晋升职位等，那么行贿人的法律责任将相对较重。相反，如果行贿是出于某种特殊原因，如被迫或误信他人等，且情节较轻，那么行贿人的法律责任可能相对较轻。
三、是否涉及其他犯罪
如果行贿人在行贿过程中还涉及其他犯罪行为，如贪污、受贿、挪用公款等，那么其将面临更复杂的法律后果。即使行贿人配合调查二年，但如果其涉及的其他犯罪行为尚未被查明或处理，那么其仍可能面临进一步的法律追究。
四、司法机关的调查进展
案件是否结案：如果行贿人配合调查后，案件已经结案，且行贿人未被追究刑事责任或已受到相应的处罚，那么通常情况下，行贿人不会再有问题。然而，如果案件尚未结案或存在复议、复核等程序，那么行贿人仍可能面临进一步的法律审查。
新证据的出现：在配合调查二年后，如果司法机关发现了新的证据，证明行贿人存在更严重的犯罪行为或隐瞒了关键信息，那么行贿人可能面临重新被追究法律责任的风险。
法律建议：
后续思考依据：
在判断行贿人配合调查二年后是否还会有问题时，需要综合考虑多种因素。由于每个案件的具体情况都不同，因此无法给出一个绝对的答案。如果你或你身边的人涉及此类问题，建议直接向我咨询，以便根据具体情况提供更准确的法律意见。