商标假冒侵权查处的行政机关主要是市场监督管理部门（原工商行政管理部门），同时人民法院也承担着重要的司法审判职责。以下是对这两个机关在查处商标假冒侵权行为中的具体职责和流程的详细介绍：
一、市场监督管理部门
职责概述：
- 市场监督管理部门是商标管理的重要行政部门，负责查处各类商标违法行为，包括商标假冒侵权行为，以维护商标注册人和消费者的合法权益。
处理程序：
- 立案调查：市场监督管理部门在发现或接到商标假冒侵权的举报、投诉后，会进行初步审查。若认为有违法事实需要予以行政处罚，将予以立案。例如，某消费者发现市场上有一款商品使用了与知名品牌相似的商标，向当地市场监管部门举报，监管部门经初查后决定立案。
- 收集证据：通过现场检查、询问当事人、查阅复制相关资料等方式，收集证明商标假冒侵权行为的证据。比如，在调查一起服装商标假冒侵权案件时，执法人员到涉嫌侵权的店铺进行现场检查，扣押了涉嫌侵权的商品，并对店主进行了询问笔录。
- 作出处罚决定：根据调查结果，如果认定存在商标假冒侵权行为，市场监督管理部门将依法责令立即停止侵权行为，没收、销毁侵权商品和主要用于制造侵权商品、伪造注册商标标识的工具，并根据情节处以罚款等行政处罚。例如，对一家生产假冒名牌手表的企业，市场监管部门除责令其停止生产外，还没收了全部侵权产品和生产设备，并处以一定数额的罚款。
法律依据：
- 根据《中华人民共和国商标法》第六十条的规定，有本法第五十七条所列侵犯注册商标专用权行为之一，引起纠纷的，由当事人协商解决；不愿协商或者协商不成的，商标注册人或者利害关系人可以向人民法院起诉，也可以请求工商行政管理部门（现市场监督管理部门）处理。工商行政管理部门处理时，认定侵权行为成立的，将采取上述行政处理措施。
二、人民法院
职责概述：
- 人民法院是解决商标假冒侵权纠纷的司法审判机关，通过民事诉讼程序，对商标假冒侵权行为进行审理和判决，确定当事人的权利和义务。
诉讼程序：
- 起诉：商标注册人或利害关系人认为他人侵犯其商标专用权，可以向人民法院提起民事诉讼。例如，甲公司发现自己的商标被乙公司在同类产品上使用，甲公司作为商标注册人，有权向法院起诉乙公司商标假冒侵权。
- 受理与审理：人民法院会对起诉进行审查，符合立案条件的予以受理，并依法组成合议庭或独任审判员进行审理。在审理过程中，双方当事人可以进行举证、质证和辩论。
- 判决与执行：法院根据查明的事实和相关法律规定，作出判决。如果认定被告构成商标假冒侵权，将判令被告停止侵权行为、赔偿原告经济损失等。判决生效后，如被告不履行判决义务，原告可以申请法院强制执行。
法律依据：
- 同样根据《中华人民共和国商标法》第六十条的规定，对侵犯商标专用权的赔偿数额的争议，当事人可以请求进行处理的工商行政管理部门调解，也可以依照《中华人民共和国民事诉讼法》向人民法院起诉。
三、综合建议
- 及时投诉与起诉：作为商标注册人或利害关系人，一旦发现商标被假冒侵权，应尽快向市场监督管理部门投诉或向人民法院起诉，以维护自己的合法权益。
- 保留证据：在投诉或起诉前，应尽可能收集并保留相关证据，如侵权商品、销售记录、广告宣传资料等，以便在查处或诉讼过程中证明侵权行为的存在。
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