针对您提出的“公司欠债后变更股东法人，起诉公司时新法人不承认债务”的问题，核心结论是：您仍可继续通过法律途径追究公司责任，新法人的否认不影响公司作为债务主体的法律地位，但需结合具体情况采取针对性策略。以下是具体分析：

1. 公司债务的独立性：变更不影响责任承担

根据《公司法》第三条，公司是企业法人，以全部财产独立承担民事责任。股东或法人的变更属于公司内部治理结构调整，不影响公司作为独立法律主体的债务承担义务。即使公司通过股权转让、法定代表人变更等方式更换实际控制人，原债务仍由公司承担，您起诉公司本身是合法有效的。

建议行动：

• 在起诉时，将公司列为唯一被告，明确诉讼请求为“要求公司偿还债务及利息”。
  
• 若新法人以“不知情”“未参与经营”等理由抗辩，可要求其提供公司财务记录、股东会决议等证据，证明债务是否真实存在及变更程序的合法性。

2. 新法人抗辩的常见理由及应对

新法人可能通过以下方式否认债务，您需针对性反驳：

• 理由1：债务系原法人个人行为，与公司无关
  若债务是公司经营过程中产生（如合同纠纷、借款等），需提供合同、转账记录、发票等证据，证明债务主体为公司而非个人。
  法律依据：《民法典》第六十一条规定，法定代表人以法人名义从事的民事活动，后果由法人承受。

• 理由2：公司已通过股权转让或资产剥离逃避债务
  若新股东通过低价转让股权、抽逃出资等方式损害债权人利益，可依据《公司法》第二十条、第二十三条，主张股东滥用权利逃避债务，要求股东对公司债务承担连带责任。
  关键证据：股权转让协议、公司资产审计报告、资金流向记录等。

• 理由3：变更程序违法，新法人身份不合法
  若法定代表人变更未依法办理工商登记（如未提交股东会决议、未公示），可向市场监管部门申请撤销变更登记，恢复原法人身份。
  法律依据：《公司登记管理条例》第三十条，公司变更法定代表人的，应当自变更决议作出之日起30日内申请变更登记。

3. 追加被告或第三人的策略

若新法人或股东的行为直接导致债务无法清偿，可考虑在诉讼中追加相关主体：

• 追加股东为被告：若股东未履行出资义务或存在抽逃出资行为，可依据《公司法解释三》第十三条、第十四条，要求股东在未出资范围内承担补充赔偿责任。
  
• 追加原法人为第三人：若原法人与债务存在直接关联（如签署合同、收取款项），可申请法院通知其作为第三人参加诉讼，查明事实。

4. 执行阶段的应对措施

若胜诉后公司仍不履行债务，可申请强制执行：

• 查封公司财产：包括银行账户、房产、车辆等。
  
• 限制高消费：对法定代表人（无论新旧）采取限制乘坐飞机、高铁等措施。
  
• 申请破产：若公司资不抵债，可依据《企业破产法》申请破产清算，通过破产程序分配剩余资产。

总结建议

1. 固定证据：收集所有与债务相关的合同、转账记录、沟通记录等，证明债务真实性及公司责任。
   
2. 起诉公司：以公司为被告提起诉讼，无需因法人变更而放弃主张权利。
   
3. 灵活追加主体：根据新法人抗辩理由，适时追加股东或原法人为被告/第三人。
   
4. 申请执行：胜诉后及时申请强制执行，防止公司转移资产。

若您需要进一步分析具体证据或诉讼策略，可随时向我提供案件细节，我会为您制定更详细的方案。