检察院在处理此类案件时，会遵循“以事实为依据，以法律为准绳”的原则，综合全案证据进行审查判断，不会仅凭二人指认就认定犯罪事实成立。具体处理方式如下：

1. 证据审查的全面性
   根据《刑事诉讼法》第五十五条，认定犯罪需达到“证据确实、充分”的标准，即：（1）定罪量刑的事实都有证据证明；（2）据以定案的证据均经法定程序查证属实；（3）综合全案证据，对所认定事实已排除合理怀疑。
   若仅有二人指认但缺乏其他证据（如物证、监控、鉴定意见等），且嫌疑人否认，检察院会重点审查指认的合理性、是否存在串供或诱供可能，以及指认内容与其他证据的关联性。若指认存在矛盾或无法形成完整证据链，检察院可能以“证据不足”作出不批准逮捕或不起诉决定。

2. 口供的补充与补强规则
   根据《刑事诉讼法》第五十六条，仅有被告人供述（包括嫌疑人否认）不能定罪，需有其他证据补强。若二人指认属于证人证言，检察院会结合其他证据判断其证明力：

   • 若指认证言稳定、细节一致，且与现场痕迹、物证等印证，可能构成“证据充分”；
     
   • 若指认证言模糊、矛盾，或与其他证据冲突，检察院会要求公安机关补充侦查（如调取监控、指纹、DNA等），若无法补充，可能退回公安机关或直接不起诉。

3. 非法证据排除规则
   若检察院发现指认证言是通过刑讯逼供、威胁、引诱等非法手段取得，会依据《刑事诉讼法》第五十八条予以排除，不得作为定案依据。此时，若缺乏其他合法证据，案件可能因证据不足被终止。

4. 特殊情形下的处理

   • 零口供案件：若嫌疑人始终否认，但其他证据（如监控、鉴定意见、同案犯供述）足以形成完整证据链，检察院仍可起诉并定罪；
     
   • 共同犯罪中的指认：若二人指认涉及共同犯罪，检察院会审查指认内容是否指向具体犯罪行为（如分工、作用），并结合其他证据判断是否构成共犯。

建议：若您或他人涉及此类案件，需重点关注证据的合法性、关联性及证明力。可向检察院申请查阅案卷材料，或委托律师介入审查证据，提出辩护意见。如有具体问题，可直接向我咨询。