核心结论：退休档案缺失且主管单位不配合时，可通过协商、投诉举报、申请行政复议或提起行政诉讼等途径解决，具体需结合实际情况选择合适方式。以下是详细分析：

协商沟通

1. 尝试友好协商：首先可以再次尝试与主管单位进行友好、耐心的沟通。向其详细说明退休档案缺失对自己退休手续办理、养老金领取等重要权益的影响，以诚恳的态度请求其配合查找、补办档案或出具相关证明材料。在沟通时，注意保留好沟通记录，如书面函件、邮件、短信等，这些记录可能在后续维权过程中作为证据使用。
2. 借助第三方协调：如果直接与主管单位沟通效果不佳，可以考虑寻求第三方协助。例如，向主管单位的上级部门反映情况，请求上级部门督促其履行职责；或者联系当地的工会组织，工会作为职工权益的代表，可能会出面与主管单位进行协调沟通，帮助解决问题。

投诉举报

1. 向劳动监察部门投诉：如果主管单位存在不作为、故意拖延等违法行为，可以向当地劳动监察部门进行投诉。劳动监察部门有权对用人单位遵守劳动法律法规的情况进行监督检查，对于违反规定的行为有权责令改正。在投诉时，需要提交详细的投诉材料，包括个人身份信息、与主管单位的劳动关系证明、档案缺失的说明以及与主管单位沟通的记录等。劳动监察部门受理投诉后，会进行调查核实，并根据调查结果作出相应处理。
2. 向档案管理部门反映：退休档案通常由档案管理部门进行管理或监督，如果主管单位不配合，也可以向当地的档案管理部门反映情况。档案管理部门可以对档案的管理工作进行指导和监督，对于主管单位在档案管理方面存在的问题，有权要求其进行整改。向档案管理部门反映时，同样需要提供相关的证据材料，以便其了解情况并进行处理。

申请行政复议或提起行政诉讼

1. 申请行政复议：如果认为主管单位的不配合行为侵犯了自己的合法权益，且该行为属于行政机关的具体行政行为，可以在知道该行为之日起60日内向上一级行政机关或者法律、法规规定的行政机关申请行政复议。在申请行政复议时，需要提交行政复议申请书、相关证据材料等，行政复议机关会对主管单位的行为进行审查，并作出行政复议决定。
2. 提起行政诉讼：如果对行政复议决定不服，或者主管单位的行为不属于行政复议范围，可以在知道该行为之日起6个月内向人民法院提起行政诉讼。通过司法途径，要求法院判决主管单位履行职责，配合解决退休档案缺失问题。在提起行政诉讼时，需要准备好起诉状、证据材料等，并按照法院的要求参加诉讼活动。