结论：在当庭调解且未撤诉的情况下，借条原件是否会被法院存档而不归还被告，这并非一个绝对固定的结果，而是取决于调解协议的具体内容、法院的操作习惯以及案件的具体情况。以下是对此问题的详细分析：
调解协议的内容：
- 如果调解协议中明确规定了借条的处理方式，比如约定借条由法院保管、销毁或归还给某一方，那么法院通常会按照调解协议的约定来处理借条。
- 如果调解协议中没有明确提及借条的处理方式，那么法院可能会根据案件的具体情况和操作习惯来决定借条的归属。
法院的操作习惯：
- 在一些法院，为了确保调解协议的执行和避免后续纠纷，法院可能会选择将借条原件存档保管。这样做的好处是，如果一方不履行调解协议，另一方可以凭借法院存档的借条原件来维护自己的权益。
- 然而，也有一些法院在调解成功后，会将借条原件归还给被告或原告，具体取决于案件情况和法院的操作流程。
案件的具体情况：
- 如果案件涉及金额较大、纠纷复杂或存在其他特殊情况，法院可能会更加谨慎地处理借条原件，以确保调解协议的有效执行和避免后续风险。
- 如果案件相对简单、纠纷明确且双方对调解协议无异议，法院可能会更加倾向于将借条原件归还给相关方。
法律建议：
- 在调解过程中明确借条处理方式：为了避免后续纠纷和不确定性，建议在调解过程中就明确借条的处理方式，并在调解协议中予以明确约定。
- 与法院沟通确认：在调解成功后，可以与法院沟通确认借条的处理方式，以确保自己的权益得到保障。
- 保留相关证据：无论借条原件是否被法院存档或归还，都建议保留好与案件相关的其他证据，如转账记录、聊天记录等，以备不时之需。
可能的法律后果：
- 如果借条原件被法院存档保管，而一方不履行调解协议，另一方可以凭借法院存档的借条原件来维护自己的权益，如申请强制执行等。
- 如果借条原件被归还给某一方，而该方不履行调解协议或存在其他违约行为，另一方可能需要通过其他途径来维护自己的权益，如提起诉讼等。
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