关于被车撞后肇事者已支付的3000元在赔偿时是否扣除的问题，结论如下：
- 若肇事者已支付费用属于赔偿范围，则应扣除
根据《中华人民共和国民法典》第一千二百一十三条，交通事故赔偿应遵循“先保险后个人”的顺序：
- 交强险优先赔付：肇事车辆若投保交强险，保险公司需在责任限额内（如医疗费1.8万元、死亡伤残18万元等）赔偿受害者损失。
- 商业险补充赔付：超出交强险限额的部分，由商业三者险按合同约定赔付。
- 肇事者个人承担：若保险仍不足覆盖损失，肇事者需承担剩余赔偿责任。
关键点：若肇事者已支付的3000元属于医疗费、护理费等赔偿项目，且未超出保险限额，则该费用应计入总赔偿额，最终从保险公司或肇事者应赔总额中扣除。例如，若总医疗费为1万元，肇事者已付3000元，保险公司赔付剩余7000元，则肇事者无需再支付医疗费部分。
- 若肇事者已支付费用属于“人道主义垫付”或超出赔偿范围，则可能不扣除
- 人道主义垫付：部分肇事者可能出于同情提前支付部分费用，但未明确约定为赔偿款。此时，若受害者实际损失未获足额赔偿，该费用可能被视为“额外补偿”，不从总赔偿中扣除。
- 超出赔偿范围：若肇事者支付的费用用于非法定赔偿项目（如受害者家属的交通费、住宿费等非必要支出），且未获双方认可，则可能不被扣除。
建议：双方应签订书面协议，明确已支付费用的性质（如“垫付医疗费”或“人道主义补偿”），避免后续争议。
- 若肇事者未投保或保险不足，已支付费用直接抵扣个人赔偿
若肇事者未购买交强险或商业险，或保险限额不足以覆盖损失，则其需个人承担赔偿责任。此时，已支付的3000元应直接从其应赔总额中扣除。例如，若总损失为5万元，肇事者已付3000元，则其还需赔偿4.7万元。
后续行动建议：
- 收集证据：保留医疗费发票、护理记录、肇事者支付凭证等，证明费用与事故的关联性。
- 协商或诉讼：与肇事者或保险公司协商赔偿方案，明确已支付费用的处理方式；若协商无果，可向法院起诉，由法官根据证据判定是否扣除。
- 注意诉讼时效：交通事故赔偿诉讼时效为3年，自知道或应当知道权利受损之日起计算，建议及时主张权利。
示例计算：
假设总医疗费为2万元，肇事者已支付3000元，且车辆投保交强险（医疗费限额1.8万元）：
- 保险公司赔付1.8万元，肇事者需赔付剩余2000元（2万-1.8万）。
- 已支付的3000元中，1800元可视为代保险公司垫付（从1.8万中抵扣），剩余1200元抵扣其个人应赔的2000元，最终肇事者还需支付800元（2000-1200）。
如有其他细节需进一步分析，可直接向我咨询。