确认劳动关系并非主要由劳动监察部门负责，而是由劳动争议仲裁委员会进行裁决。以下从多个角度对此问题进行详细分析：
一、法律依据与职责明确
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条的规定，因确认劳动关系发生的争议属于劳动争议范畴，适用该法处理。这意味着，对于劳动关系的正式确认，应由劳动争议仲裁委员会进行裁决。劳动争议仲裁委员会是专门处理劳动争议的机构，其裁决具有法律效力。
劳动监察部门作为各级政府设立的行政机构，其主要职责是监督和检查用人单位遵守劳动法律法规的情况，包括工资支付、工作时间、休息休假、社会保险缴纳等方面，并对违反劳动法律法规的用人单位依法进行行政处罚。虽然劳动监察部门在处理劳动纠纷和进行监察时，会对劳动关系进行一定的审查和判断，但其意见并不具有最终确认效力。
二、劳动关系确认流程
初步审查：劳动监察部门在监督检查过程中，会综合考虑多方面因素（如劳动者是否实际接受用人单位管理、指挥与监督；用人单位是否定期向劳动者发放工资；劳动者提供的劳动是否是用人单位业务的组成部分等）对劳动关系进行初步审查和判断。然而，这种审查只是初步的，并不构成对劳动关系的最终确认。
争议解决途径：如果劳动者或用人单位对劳动关系存在争议，应依法向有管辖权的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。劳动争议仲裁委员会将依据相关法律法规和证据材料，对劳动关系进行正式确认，并作出具有法律效力的裁决。
司法救济：对劳动争议仲裁委员会的裁决不服的，当事人可以向人民法院提起诉讼，由法院进行最终判决。
三、实际应用指导意义
在实际操作中，劳动者和用人单位应明确各自的权利和义务，了解劳动关系的确认流程和争议解决途径。当遇到劳动关系争议时，应首先尝试通过协商解决；协商不成时，应及时向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以维护自身合法权益。
四、特殊情况处理
如果劳动监察部门无法确认劳动关系，劳动者不必气馁。此时，劳动者可以：
补充证据：仔细回顾和整理现有证据，如劳动合同、工资支付记录、工作证、考勤记录等。若现有证据不足，可以尝试收集新证据，如同事的证人证言、工作成果文件、与用人单位的沟通录音等。
再次申请：准备好充足证据后，劳动者可以再次向劳动监察部门提交申请，详细说明补充证据的情况，请求重新审查并确认劳动关系。虽然劳动监察部门的确认不具有最终效力，但其意见对后续仲裁或诉讼具有重要参考价值。
直接申请仲裁：若劳动监察部门最终无法确认劳动关系，劳动者可以直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。这是解决劳动关系争议的最直接和有效的方式。
综上所述，确认劳动关系是一个涉及多个部门和法律程序的过程。劳动者和用人单位应充分了解相关法律法规和操作流程，以便在遇到问题时能够迅速有效地维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。