针对您提出的“国家保护进城落户三权不变，但没有被村集体认定为成员资格是否合法”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细解答：
一、国家政策背景
根据国务院下发的《关于进一步推进户籍制度改革的意见》以及后续的相关通知和政策，国家明确规定了农民进城落户时，不得以退出土地承包经营权、宅基地使用权、集体收益分配权（即“三权”）作为条件。这是为了保护农民的合法权益，确保他们在进城落户后，仍然能够享有原有的农村权益。
二、成员资格认定与“三权”的关系
成员资格认定：
- 根据《中华人民共和国农村集体经济组织法》等相关法律法规，农村集体经济组织成员资格的认定通常基于户籍、土地承包关系、对集体经济的贡献等多种因素。
- 成员资格的认定是享有“三权”的前提，但并非唯一条件。即使未被村集体明确认定为成员，如果农民原本就享有土地承包经营权、宅基地使用权等，这些权利也不应因进城落户而被剥夺。
“三权”的独立性：
- 土地承包经营权、宅基地使用权是法律赋予农户的用益物权，它们不依赖于成员资格而存在。
- 集体收益分配权虽然与成员资格有一定关联，但国家政策明确规定，进城落户农民应依法享有这一权利，不得因其进城落户而被取消。
三、未被认定成员资格的合法性分析
如果原本就是成员：
- 根据相关政策，进城落户农民原为本集体经济组织成员的，不得因进城落户而取消其成员身份。因此，如果原本就是成员，未被认定是不合法的。
如果原本不是成员但享有“三权”：
- 即使未被村集体认定为成员，但如果农民原本就通过合法途径（如继承、转让等）获得了土地承包经营权、宅基地使用权等，这些权利也应得到保护。
- 集体收益分配权方面，如果农民原本就享有股份或分配权，且没有违反相关法律法规或集体经济组织章程的规定，那么其分配权也不应被剥夺。
村集体行为的合法性审查：
- 村集体在认定成员资格和分配“三权”时，必须遵循相关法律法规和政策规定，不得随意剥夺或限制农民的合法权益。
- 如果村集体的行为违反了法律法规或政策规定，农民有权向相关部门投诉或寻求法律援助。
四、建议与措施
了解政策与法规：
- 农民应主动了解国家关于进城落户农民农村权益保障的相关政策和法规，明确自己的权利和义务。
与村集体沟通：
- 如果未被村集体认定为成员或认为自己的“三权”受到了侵害，可以与村集体进行沟通协商，寻求解决方案。
寻求法律援助：
- 如果沟通协商无果，可以寻求法律援助或向相关部门投诉，维护自己的合法权益。
综上所述，国家保护进城落户农民的“三权”不变是明确的政策导向。即使未被村集体认定为成员资格，如果农民原本就享有这些权利或通过合法途径获得了这些权利，那么这些权利也应得到保护。如果村集体的行为违反了相关法律法规或政策规定，农民有权采取相应措施维护自己的合法权益。