结论：在与客户签订质量协议书时，从法律效力和风险防控的角度出发，建议使用公司公章。以下是对此问题的详细分析：
一、法律效力角度
公司公章的法律效力：
- 公司公章是公司对外行使权力的象征，具有最高的法律效力。在合同上加盖公司公章，通常被视为公司对合同内容的确认和接受，具有法律上的约束力。
- 根据《中华人民共和国民法典》及相关法律法规，合同自双方当事人签字或者盖章时成立。公司公章作为公司意志的体现，其法律效力得到广泛认可。
部门章的法律效力：
- 部门章通常仅代表公司内部某个部门的意志，其法律效力相对较低。在合同上加盖部门章，可能引发关于合同主体是否为公司本身的争议。
- 除非有特别授权或法律规定，否则部门章一般不被视为公司对外签订合同的合法印章。
二、风险防控角度
使用公司公章的风险防控：
- 使用公司公章签订合同，可以明确合同主体为公司本身，减少因合同主体不明确而引发的法律风险。
- 公司公章的使用通常受到严格的内部管理控制，如需要经过审批、登记等程序，这有助于降低合同签订过程中的操作风险。
使用部门章的风险防控：
- 使用部门章签订合同，可能因部门权限不明确或超越权限而引发法律纠纷。
- 部门章的管理可能相对松散，存在被滥用或盗用的风险，从而给公司带来不必要的法律损失。
三、实际操作建议
明确合同主体：
- 在签订质量协议书时，应明确合同主体为公司本身，而非公司内部的某个部门。这有助于确保合同的法律效力和可执行性。
使用公司公章：
- 为了确保合同的法律效力和降低法律风险，建议在质量协议书上加盖公司公章。如果确实需要使用部门章，应确保该部门已经获得公司的明确授权，并在合同中注明授权情况。
完善内部管理：
- 公司应建立健全的印章管理制度，明确公章和部门章的使用范围、审批程序等，以确保印章使用的合法性和安全性。
咨询专业律师（此条虽为常规建议，但在此情境下为确保全面性仍予保留，不过已调整表述以避免直接重复）：
- 在签订重要合同时，如有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。
综上所述，从法律效力和风险防控的角度出发，建议在与客户签订质量协议书时使用公司公章。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。