检察院不起诉非法捕捞行为，但渔业部门仍可能罚款，这主要是因为检察院和渔业部门在法律职责和处罚依据上存在不同。以下从几个方面为你详细解释：
法律职责不同
- 检察院作为国家的法律监督机关，在刑事诉讼中负责审查起诉工作。对于非法捕捞行为，如果检察院认为犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，可以作出不起诉决定。这并不意味着该行为没有违法性，只是从刑事追诉的角度，认为不需要通过刑罚来惩处。
- 渔业部门则负责渔业资源的保护和管理，对于违反渔业法律法规的行为，有权进行行政处罚。渔业部门对非法捕捞行为的处罚，是基于其行政管理的职责，旨在维护渔业资源的可持续利用和生态平衡。
处罚依据不同
- 检察院不起诉的依据主要是《刑事诉讼法》的相关规定，以及刑法中关于犯罪情节轻微、不需要判处刑罚或免除刑罚的条款。
- 渔业部门罚款的依据则是《渔业法》等相关渔业法律法规。这些法律法规明确规定了非法捕捞行为的行政处罚措施，包括罚款、没收渔获物和违法所得、没收渔具等。
处罚性质不同
- 检察院的不起诉决定是对刑事追诉的终止，意味着该行为不会受到刑事处罚。
- 渔业部门的罚款则是对非法捕捞行为的行政处罚，是对违法行为人的一种经济制裁，旨在通过经济手段来遏制非法捕捞行为的发生。
可能存在的后续情况
- 即使检察院作出了不起诉决定，渔业部门仍然可以根据其掌握的证据和法律法规，对非法捕捞行为进行行政处罚。这是因为行政处罚和刑事处罚是两种不同的法律责任形式，它们之间并不相互排斥。
- 如果渔业部门认为检察院的不起诉决定有误，或者认为该行为应该受到更严厉的处罚，渔业部门也可以通过法律途径来维护自己的权益，比如向上级部门申诉或者提起行政诉讼等。不过，这种情况在实际操作中较为少见。
给你的建议：
- 如果你对渔业部门的罚款决定有异议，可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼来维护自己的权益。
- 在未来的渔业活动中，务必遵守相关法律法规，避免再次发生非法捕捞等违法行为，以免受到不必要的法律处罚。
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