关于市仲裁委协商中对方盖章不清楚是否有效的问题，这需要分情况来讨论：
盖章不清楚但能辨认出公司名称或基本特征：
- 在这种情况下，尽管盖章可能不够清晰，但如果能够辨认出公司的名称或基本特征，且该盖章确实属于对方公司，那么这份协商文件在法律上通常是有效的。因为盖章的主要目的是确认文件的真实性和双方的意思表示，只要能够达到这一目的，即使盖章不够清晰，也不影响文件的法律效力。
盖章不清楚且无法辨认出公司名称或基本特征：
- 如果盖章非常模糊，以至于无法辨认出公司的名称或任何基本特征，那么这份协商文件的有效性就可能受到质疑。因为无法确认盖章的真实性和所属公司，就无法证明这份文件是双方真实意思的表示。在这种情况下，可能需要通过其他证据来证明协商的内容和双方的真实意图，比如协商过程中的录音、录像、书面记录等。
对方否认盖章的真实性：
- 即使盖章相对清晰，但如果对方否认盖章的真实性，比如声称盖章是伪造的或被盗用的，那么这份协商文件的法律效力也会受到挑战。在这种情况下，需要通过司法鉴定等方式来确认盖章的真实性，或者通过其他证据来证明协商的过程和结果。
法律建议：
- 确保盖章清晰可辨：在签订任何协商文件时，都应确保对方的盖章清晰可辨，最好能够包含公司的全称和清晰的印章图案。
- 保留协商过程的证据：除了协商文件本身外，还应保留协商过程中的其他证据，如录音、录像、书面记录等，以备不时之需。
- 及时咨询专业律师：如果对协商文件的法律效力有疑问，或者遇到对方否认盖章真实性等情况，应及时咨询专业律师，以便采取适当的法律措施来维护自己的权益。
可能法律后果：
- 如果协商文件被认定为无效，那么双方可能需要重新进行协商，或者通过法律途径来解决纠纷。
- 如果因为盖章不清楚而导致协商文件无法执行，可能会给双方带来不必要的经济损失和时间成本。
总结来说，市仲裁委协商中对方盖章不清楚是否有效，取决于盖章的清晰程度、能否辨认出公司名称或基本特征，以及对方是否否认盖章的真实性等因素。为了确保协商文件的法律效力，建议双方在签订时务必确保盖章清晰可辨，并保留好协商过程的证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。