结论：员工停薪留职后被辞退是否有赔偿，主要取决于辞退的具体原因、劳动合同的相关约定以及法律法规的规定。以下是对此问题的详细分析：
一、合法辞退情形（用人单位无需支付或仅需支付少量经济补偿）
劳动者存在过错：
- 若员工在停薪留职期间严重违反用人单位的规章制度，如旷工达到规定天数、泄露公司商业机密等，且这些行为符合《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条规定的情形，用人单位有权解除劳动合同且无需支付经济补偿。
- 法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条。
协商一致解除劳动合同：
- 若用人单位与员工在停薪留职期间协商一致解除劳动合同，用人单位需按员工在本单位工作的年限支付经济补偿。具体标准为：每满一年支付一个月工资；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。这里的“月工资”指劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。
- 法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条。
二、违法辞退情形（用人单位需支付赔偿金）
- 若用人单位无正当理由或违反法定程序（如未提前通知、未听取工会意见等）在停薪留职期间辞退员工，则构成违法解除劳动合同。此时，用人单位需按照经济补偿标准的二倍向员工支付赔偿金。
- 赔偿金计算：赔偿金标准为经济补偿金的二倍。经济补偿金按员工在本单位工作的年限计算，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。月工资指劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。若员工月工资高于当地上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，且支付年限最高不超过十二年。
- 法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》第八十七条。
三、特殊情况（视具体情况确定补偿或赔偿）
劳动合同期满：
- 若停薪留职期间劳动合同期满，且用人单位决定不再续订劳动合同，用人单位应向员工支付经济补偿。但若用人单位维持或提高劳动合同约定条件续订劳动合同，而员工不同意续订的，则无需支付经济补偿。
用人单位经营困难发生重大变化：
- 若用人单位因生产经营发生严重困难等客观经济情况发生重大变化，导致劳动合同无法履行，且员工在停薪留职期间受到影响被辞退，用人单位应支付经济补偿。
四、关于停薪留职期间的工龄计算
- 停薪留职期间虽未实际在公司上班，但通常仍计入工龄，除非双方另有约定或法律法规有特殊规定。因此，在计算经济补偿或赔偿金时，应将该期间纳入考虑范围。
五、建议与注意事项
- 审查劳动合同与停薪留职协议：员工应仔细审查劳动合同及停薪留职协议中的相关条款，了解自己的权益与义务。
- 保留证据：在停薪留职期间，员工应保留好与用人单位的沟通记录、规章制度等证据，以备不时之需。
- 及时咨询：若员工认为自己的权益受到侵害，应及时向用人单位提出异议，并考虑通过法律途径维护自己的合法权益。
综上所述，员工停薪留职后被辞退是否有赔偿，需根据具体辞退情形和法律规定来判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。