结论：农民是否违法需分情况讨论，关键在于企业违规占地行为的性质、村支书协商的合法性以及农民是否实施了违法行为。以下从不同角度进行分析：

1. 企业违规占地的性质

• 企业行为违法性：企业违规占地本身属于违法行为，可能涉及《土地管理法》第七十七条（未经批准非法占用土地）或第七十九条（非法批准占用土地）等条款。若企业未取得合法用地手续，其占地行为不受法律保护。
• 农民权益基础：农民作为土地权利人（如宅基地使用权人或承包经营权人），有权要求企业停止侵权并赔偿损失。村支书作为基层组织代表，可协助调解，但无权擅自处置土地权益。

2. 村支书协商的合法性

• 协商效力：若村支书仅作为中间人协调赔偿，且赔偿金额合理、程序透明（如经村民会议或村民代表会议同意），则协商结果可能具有民事合同效力。但若村支书超越职权（如擅自处分集体土地或个人土地），或协商过程存在胁迫、欺诈，则协议可能无效。
• 农民行为合法性：农民接受协商赔偿本身不违法，但需确保赔偿协议内容合法（如不涉及土地所有权转让、不违反强制性规定）。若企业反悔，农民可通过民事诉讼要求履行协议或赔偿损失。

3. 农民可能违法的情形

• 以违法手段维权：若农民在协商或企业反悔后，采取非法手段（如阻挠施工、毁坏财物、暴力威胁等），可能涉嫌违反《治安管理处罚法》或《刑法》（如故意毁坏财物罪、寻衅滋事罪）。
• 超越权利范围处置土地：若农民在协商中擅自处分土地所有权（如将宅基地卖给企业），或协助企业隐瞒违规占地事实，可能构成共同违法或犯罪。

4. 法律建议

• 对企业：农民可向自然资源部门举报企业违规占地，要求行政处罚（如责令退还土地、罚款）；若造成损失，可提起民事诉讼要求赔偿。
• 对协商协议：若企业反悔，农民可依据《民法典》合同编，以协商记录（如书面协议、录音、证人证言）为证据，起诉要求企业履行赔偿义务。
• 避免违法风险：农民在维权过程中应保持理性，通过法律途径解决纠纷，避免采取过激行为。

5. 特殊情形：村支书与企业串通

• 若村支书与企业恶意串通，以“协商”为名侵占农民土地权益（如低价赔偿、虚构债务），可能涉嫌职务侵占罪或诈骗罪。农民可向纪检监察机关举报，并追究相关人员刑事责任。

总结：农民在本案中是否违法，取决于其具体行为是否超出法律允许的范围。若仅因企业违约而通过合法途径维权，不构成违法；但若采取非法手段或协助企业违规，则可能承担法律责任。建议农民保留协商证据，及时咨询专业律师，通过法律程序维护权益。