结论概述：竣工图纸在违建认定中通常能作为关键证据，结合新闻背景中商铺楼顶加盖违建、物业谎称翻修的事件，竣工图纸与实际建设情况的对比是判断是否违建的重要依据。以下从多个维度详细分析：
一、竣工图纸在违建认定中的法律地位
证据效力：竣工图纸是建筑物建设完成时的官方记录，反映了建筑物原始的设计和结构状态。在违建认定中，竣工图纸作为原始设计文件，具有较高的证据效力，能够证明建筑物是否按照规划许可进行建设。
对比依据：将实际建设情况与竣工图纸进行对比，可以直观地看出建筑物是否存在加建、改建等违反规划许可的行为。如果实际建设情况与竣工图纸不符，且无法提供合法建设手续，那么很可能被认定为违建。
二、结合新闻背景的法律分析
事件回顾：南京一小区商铺楼顶被擅自搭建了阳光房和圆形建筑，物业曾称是“正常翻修”，但业主调取竣工图纸对比后发现与原始设计不符。城管部门介入后确认，该公司未能提供任何合法建设手续，已责令停工。
法律定性：根据《城乡规划法》等相关法律法规，未经规划许可擅自进行建设的行为属于违法行为。在此事件中，商铺楼顶加盖的阳光房和圆形建筑，由于未能提供合法建设手续，且与竣工图纸不符，因此很可能被认定为违建。
竣工图纸的作用：业主调取的竣工图纸在此事件中发挥了关键作用。通过对比竣工图纸和实际建设情况，业主能够直观地看出建筑物是否存在违建行为，并为城管部门的认定提供了有力证据。
三、违建认定的其他关键因素
合法建设手续：除了竣工图纸外，合法建设手续也是违建认定的重要依据。如果建筑物未能提供规划许可、施工许可等合法手续，那么很可能被认定为违建。
现场勘查：城管部门在认定违建时，通常会进行现场勘查，了解建筑物的实际建设情况。现场勘查结果也是违建认定的重要依据之一。
专业鉴定：在必要时，城管部门可能会委托专业机构进行鉴定，以确定建筑物是否违反规划许可。专业鉴定结果具有较高的权威性，对违建认定具有重要影响。
四、对公众的启示
增强法律意识：公众应增强法律意识，了解违建行为的法律后果。在购买或租赁商铺时，应仔细查看相关规划许可和竣工图纸，确保建筑物的合法性。
积极维权：如果发现建筑物存在违建行为，公众应积极向相关部门举报，并保留好相关证据，如竣工图纸、现场照片等，以便在维权过程中提供有力支持。
遵守规划许可：建筑物所有人或使用人应严格遵守规划许可，不得擅自进行加建、改建等行为。如需进行建设，应提前办理相关手续，确保建设行为的合法性。
五、可能的法律后果
拆除违建：如果建筑物被认定为违建，城管部门将依法启动拆除程序，对违建部分进行拆除。
罚款：除了拆除违建外，建筑物所有人或使用人还可能面临罚款等行政处罚。
刑事责任：在极端情况下，如果违建行为构成犯罪，建筑物所有人或使用人还可能承担刑事责任。
综上所述，竣工图纸在违建认定中通常能作为关键证据。结合新闻背景中的事件，我们可以看到竣工图纸与实际建设情况的对比是判断是否违建的重要依据。公众应增强法律意识，积极维权，并遵守规划许可，以避免不必要的法律风险。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。